پروتیین یکی از مهمترین شواهد بیولوژیکی در پزشکی قانونی می باشد. پروتیین های موجود در یک نمونه، خاص هر صاحب نمونه بوده و مربوط به هر بافت و یا ارگان مشخص می باشند. به سبب همین اختصاصیت، از پروتیین ها برای شناسایی بافت و صاحب نمونه استفاده می گردد. همچنین پروتیین به عنوان یکی از مهمترین ماتری س های مورد استفاده در پزشکی قانونی می باشد که از آن در بررسی صحنه جرم و شناسایی مجرم استفاده می گردد. با توسعه علم پروتیومیکس، کاربردها و روش های تشخیصی نیز روز بروز توسعه می یابند. امروزه روش های دستگاهی بر پایه جرم سنجی و سایر ابزار نوین، پیچیدگی بررسی های پروتیومیکس را مرتفع می سازد. پس از کشف شواهد پروتیومیکس، امکان تشخیص و جمع آوری نمونه برای بررسی های مولکولی و ژنتیکی جهت تشخیص مجرم و منشا نمونه وجود دارد. با این حال بسیاری از تکنیک های کاربردی و نوین پروتیومیکس در مراحل تحقیقاتی و اولیه بوده و نیازمند اخذ تاییدیه از مراجع ذیصلاح در پزشکی قانونی می باشند.