با هدف ارزیابی سلامت بوم نظام های کشاورزی (اگرواکوسیستم های) منطقه بیرجند بین سال های 1370 تا 1390پژوهشی در دو سال 1390 و 1391 انجام شد. درآغاز 38 شاخص به عنوان سنجه های سلامت گزینش شدند. روش محاسبه هر یک از سنجه ها بر پایه تعریف علمی و کمی آنها صورت گرفت. برای برازش معادله های مربوطه و دیدن روند تغییرپذیری ها، از روش های تجزیه رگرسیونی استفاده شد. آن گاه با توجه به مثبت یا منفی بودن هر سنجه و شدت تاثیر آن در سلامت بوم نظام های کشاورزی، ضریب های مثبت و منفی (از 3+ تا 3-) تعیین و پس از استاندارد سازی داده ها برای قرارگیری داده ها بین صفر و یک، ضریب ها اعمال شد و شاخص سلامت کل در هر سال با جمع جبری امتیازهای کل سنجه ها به دست آمد و در پایان از جمع جبری امتیازهای نهایی، شاخص سلامت کل بوم نظام های کشاورزی در طول دوره زمانی 21 ساله محاسبه شد. برای تعیین مرتبه کیفی شاخص سلامت کل در طول 21 سال، کلاس بندی کیفی امتیازها صورت پذیرفت. برابر نتایج به دست آمده، شاخص سلامت کل بوم نظام های کشاورزی منطقه بیرجند که حاصل جمع امتیازهای نهایی سنجه های 38 گانه در طول دوره بررسی بود، با کسب امتیاز +30.92 در کلاس سلامت ضعیف قرار گرفت. شاخص سلامت از آغاز دوره مورد بررسی روند کاهشی در پیش داشته، تا این که در سال 1387 به مرز سلامت و از آن پس تا انتهای دوره به محدوده نبود سلامت رسیده است. در بین همه سنجه ها، سنجه تعاونی های کشاورزی با امتیاز +41.60 و سنجه آسیب و زیان محصولات کشاورزی با امتیاز -33-67 به عنوان مثبت ترین و منفی ترین سنجه های اثرگذار در شاخص سلامت کل شناسایی شدند.