شهرداری ها برای گزارشگری مالی خود از مبنای نقدی تعدیل شده و نظام بودجه ریزی برنامه ای استفاده می نمایند. در سال های اخیر تلاش هایی در جهت تغییر سیستم حسابداری و گزارشگری مالی به مبنای تعهدی و بودجه ریزی عملیاتی در شهرداری ها انجام گرفته است. پژوهش حاضر به بررسی مشکلات انطباق حسابداری تعهدی با بودجه ریزی برنامه ای در شهرداری ها پرداخته است. این مطالعه از توع توصیفی پیمایشی می باشد که شامل 153 نفر از مدیران و کارشناسان امور مالی شهرداری های استان فارس در سال 1393 است. اطلاعات پژوهش با استفاده از یک پرسشنامه 25 سوالی از مقیاس پنج گزینه ای لیکرت گردآوری و از روش های آماری توصیفی و استنباطی از قبیل آزمون کولموگروف- اسمیرنوف برای نرمال بودن توزیع داده ها و آزمون های ضریب همبستگی اسپیرمن و تحلیل واریانس فریدمن و ماتریس همبستگی استفاده شده است. نتایج تجزیه و تحلیل داده ها نشان می دهد که بین متغیرهای درآمدها، هزینه ها، دارایی ها، بدهی های ثبت شده در حسابداری تعهدی با بودجه ریزی برنامه ای مغایرت اساسی وجود دارد. با توجه به اینکه اساس بودجه ریزی برنامه ای، مبنای نقدی حسابداری می باشد لذا شهرداری ها در جهت بهبود گزارشگری و مستولیت پاسخگویی مدیران ناگریز به اجرای حسابداری تعهدی با رویکرد بودجه ریزی عملیاتی می باشند.