میکروبیوتای دستگاه گوارش می تواند با تأثیر بر مسیرهای سیگنالینگ داخل سلولی در بهبود یا تشدید بیماری ها از جمله بیماری التهابی روده نقش داشته باشد. در حدود 25درصد از موارد بیماری التهابی روده در کودکان رخ می دهد و شباهت ها و تفاوت های متعددی بین بیماری التهابی روده اطفال و بزرگسالان وجود دارد. در کودکان مبتلا به بیماری التهابی روده انتروکوک افزایش و آنایروستیپس، بلوتیا، کوپروکوکوس، فکالیباکتریوم، رزبوریا، رومینوکوکوس و لاکنوسپیرا کاهش قابل توجهی می یابد. این یافته ها نشان می دهد که رژیم غذایی و دیسبیوزیس ناشی از آن که در بزرگسالان مبتلا به بیماری التهابی روده دیده می شود، ممکن است در طول دوره کودکی ایجاد شود. در نتیجه مطالعه پروفایل میکروبیوتای دستگاه گوارش و ارتباط آن با رژیم غذایی در کودکان مبتلا به بیماری التهابی روده می تواند در تشخیص، غربالگری و درمان آنها نقش داشته باشد. در مقاله حاضر مفاهیم پایه مربوط به میکروبیوتای دستگاه گوارش کودکان، و ارتباط آن با رژیم غذایی در بیماری التهابی روده کودکان و ارتباط آنها با یکدیگر، و مکانیسم های داخل سلولی و دورنمای کاربرد آنها در آینده مرور شده است.