این پژوهش با هدف شناسایی QTL های مرتبط با تحمل به شوری و خشکی در دو مرحله جوانه زنی و گیاهچه ای با استفاده از جمعیت F2:4 حاصل از تلاقی دو رقم برنج غریب (متحمل به شوری و خشکی) و سپیدرود (حساس به شوری و خشکی) انجام شد. تعداد 236 نشانگر چند شکل (شامل 105 نشانگر AFLP و 131 نشانگر ریزماهواره) برای تهیه نقشه ژنتیکی کروموزوم یک برنج مورد اسفاده قرار گرفت. سیزده نشانگر ریزماهواره به همراه هفت نشانگر AFLP در مجموع با طول 216.1 سانتی مورگان کروموزوم یک را تشکیل دادند و فاصله متوسط نشانگرهای مجاور روی این کروموزوم 10.8 سانتی مورگان بود. با استفاده از روش مکان یابی فاصله ای مرکب، در مجموع هفده QTL کنترل کننده صفات سرعت جوانه زنی، درصد جوانه زنی، طول ریشه چه، طول ساقه چه، طول کلئوپتیل و شاخص های تحمل به خشکی و شوری در مرحله جوانه زنی در چهار شرایط مختلف (تنش خشکی ناشی از PEG و سوربیتول، تنش شوری ناشی از NaCl و شرایط عدم تنش) و چهار QTL کنترل کننده صفات درصد پتاسیم، نسبت طول ریشه به ساقه، امتیاز ارقام و وزن خشک ریشه در مرحله گیاهچه ای تحت تنش شوری ناشی از NaCl روی کروموزوم یک شناسایی شد. هفت QTL بزرگ اثر برای صفات مرتبط با تحمل به شوری و خشکی در دو مرحله رشدی در مجاورت نشانگرهای RM212 و RM1287 مکان یابی شدند. QTL های بزرگ اثر qGR-1 و qSV-1 در هر دو شرایط تنش و عدم تنش شناسایی شدند که ظهور QTL های مذکور در دو شرایط مختلف آزمایشی احتمالا نشان دهنده پایداری این QTL ها و عدم تاثیر پذیری آن ها از شرایط محیطی است. علاوه بر آن، هم مکانی QTL های qSKC-1 و qRL/SL در مرحله گیاهچه ای با QTL های مرتبط با صفات مربوط به جوانه زنی بیانگر کنترل ژنتیکی یکسان این صفات در مراحل جوانه زنی و گیاهچه ای بود. موقعیت بیشتر QTL های تحمل به شوری بسیار نزدیک به QTL های مرتبط با تحمل به خشکی بود که می تواند نشان دهنده این باشد که تحمل به خشکی و شوری در برنج به وسیله ژن های با اثر پلیوتروپیک یا ژن های پیوسته کنترل می شود. به نظر می رسد بتوان با اصلاح برنج برای تحمل به یکی از این تنش ها، نسبت به تنش دیگر نیز موفق بود.