غده تیموس از جمله غدد درون ریز است که نقش مهمی در ایمنی بدن دارد. سرطان غده تیموس بسیار نادر می باشد. یکی از راه های درمان آن پرتودرمانی است. پرتودرمانی سرطان غده تیموس، به علت موقعیت مکانی این غده و نزدیک بودن آن به اندام های مهم بدن، خطر عوارض جانبی را در پی دارد. در این مقاله، با شبیه سازی فانتوم میرد و طراحی یک چرخ تعدیل گر و تیغه های جبران کننده برد، نحوه تشکیل قله براگ در ناحیه تومور بررسی شد. شبیه سازی ها با استفاده از ابزار مونت کارلوی GEANT4، کدهای FLUKA و MCNPX انجام گرفت. از برهم کنش غیرکشسان پروتون ها با محیط ذرات ثانویه تولید می شوند که مهم ترین آن ها نوترون ها و فوتون ها هستند. دز پروتون های فرودی و ذرات ثانویه که در پروتون درمانی تولید می شوند، در تومور، بافت سالم تیموس و 12 اندام حساس بدن که در نزدیکی این غده قرار دارند با استفاده از این ابزارهای شبیه سازی محاسبه شده و با یکدیگر مقایسه شده اند. نتایج نشان می دهند که در طول پروتون درمانی این سرطان، حدود 96 درصد دز ناشی از پروتون های فرودی و ذرات ثانویه در تومور جذب می شود و اندام های حساس اطراف آن، دز بسیار ناچیزی را دریافت می کنند.