سویا (Glycine max L. ) یکی از گیاهان روغنی مهم در دنیا است که سهم عمده ای در تامین روغن و پروتئین خوراکی انسان و دام دارد. این پژوهش با هدف بررسی تنوع ژنتیکی ژرم پلاسم داخلی سویا در سال 1392 در کرج انجام گردید. بدین منظور زمین آزمایشی با انجام عملیات معمول زراعی آماده و 354 ژنوتیپ ها به هفت گروه شامل چهار گروه 51 تائی و سه گروه 50 تائی تقسیم و ژنوتیپ های هر گروه در دو ردیف سه متری با دو تکرار کشت گردید. در طول فصل رشد و زمان برداشت ژنوتیپ ها از نظر خصوصیات زراعی، مرفولوژیکی و فنولوژیکی ارزیابی شدند. تجزیه واریانس براساس طرح آشیانه ای نشان داد که بین گروه های ژنوتیپی از حیث کلیه صفات مورد بررسی و بین ژنوتیپ های داخل گروه از حیث صفات عملکردی، طول دوره پرشدن دانه و تعداد روز تا گلدهی اختلاف منعی دار وجود دارد. بیشترین تنوع تغییرات فنوتیپی برای صفات عادت رشدی (55 %)، عملکرد دانه (40 %)، بدست آمد. دامنه تغییرات صفات عملکرد دانه 7/25 – 1/2 گرم، طول دوره رشد 126 – 86 روز، و وزن صد دانه 7/24 – 8/6 گرم بود. تجزیه کلاستر ژنوتیپ ها را در چهار کلاستر قرار داد که اغلب ژنوتیپ ها در کلاستر 1 دیررس و رشد نامحدود، در کلاستر 2 رشد محدود با دوره رشد متوسط، در کلاستر 3 پرمحصول و زودرس و در کلاستر 4 اغلب کم ارتفاع و کم محصول، رشد نیمه محدود بودند. الگوی پراکنش ژنوتیپ ها توسط نمودار دو مولفه صفات فنولوژیکی (PC1) و مولفه عملکردی (PC2) تطابق خوبی با نتایج تجزیه خوشه ای داشت.