صنعت تولید قند و شکر یکی از آب برترین صنایع غذایی کشور است و می تواند با انتشار فاضلاب با شاخص BOD بالا، هزینه های جانبی بسیاری را به جامعه تحمیل نماید؛ ازاین رو این مقاله با استفاده از روش تحلیل پوششی ناپارامتریک تصادفی (StoNED) به ارزیابی هزینه های نهایی کنترل شاخص BOD فاضلاب این صنعت در سال 1396 می پردازد. نتایج نشان می دهند، این صنعت به طور میانگین از لحاظ محیط زیستی 5/6 درصد ناکارآمد بوده و میانگین قیمت سایه ای هر کیلوگرم BOD کارخانه های تولیدکننده حدود 6/612 هزار ریال است. با استفاده از قیمت های سایه ای تخمینی، می توان علاوه بر طراحی ابزارهای کنترل آلایندگی، طرح های اقتصادی تصفیه فاضلاب را دقیق تر ارزیابی نمود. همچنین با توجه به امکان تصفیه فاضلاب به میزان دلخواه توسط سیستم های کنونی، می توان با اندیشیدن راهکارها و استفاده از ابزارهای مناسب، آثار جانبی ناشی از انتشار آلودگی را داخلی کرد و با تصفیه و استفاده مجدد از آن ها، موجب کاهش برداشت از آب های زیرزمینی شد.