خرس های قهوه ای، برخلاف سایر گوشت خواران پرتحرک، ساختار ژنتیکی کاملا مشخصی را در سطح جهان نشان می دهند که دربرگیرنده چندین کلاد میتوکندریایی است. علاوه بر این، جمعیت های خرس قهوه ای در خاورمیانه از جمله ایران در تهدید قرار دارند. با این وجود، هنوز جایگاه تبارشناختی و تنوع ژنتیکی این خرس ها در مقایسه با تبارهای جهانی خرس قهوه ای در ابهام قرار دارد. در پژوهش حاضر، 50 نمونه (عضله، پوست و مو) متعلق به خرس قهوه ای از ایران گردآوری شد. تحلیل ها بر اساس یک قطعه614 جفت باز از ناحیه کنترل میتوکندری انجام شد. بر اساس یافته ها، خرس های ایران در مقایسه با خرس های قهوه ای مناطق دیگر جهان تنوع هاپلوتایپی به نسبت زیادی (50 فرد، 22 هاپلوتایپ) را نشان دادند. تحلیل های این ناحیه میتوکندریایی، خرس های ایران را در یک کلاد مادری کاملا مجزا از دیگر کلادهای جهانی قرار داد، که دربرگیرنده دو-سه زیرکلاد گیتاشناختی شامل 1) زیرکلاد البرز: خرس های ساکن کوه های البرز تا ارسباران، 2) زیرکلاد زاگرس: خرس های غرب کشور از کوه های سهند (آذربایجان شرقی) تا زاگرس جنوبی (کازرون) و 3) زیرکلاد فارس: خرس های ساکن جنوب شرقی زاگرس (مرودشت تا اقلید، استان فارس) است. یافته های FST و AMOVA، وجود ساختار ژنتیکی معنی داری را بین زیرکلادهای خرس قهوه ای در ایران تائید می نماید. بنابراین، جمعیت های امروزی خرس قهوه ای در ایران، علاوه بر تنوع هاپلوتایپی به نسبت زیاد، ساختارهای گیتاشناختی مشخصی را نمایش می دهند.