مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

81
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

13
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

فراتحلیل داده های بیانی RNA-Seq و Microarray برای شناسایی ژن های مؤثر در رشد و نمو عضله گوسفند

صفحات

 صفحه شروع 557 | صفحه پایان 569

چکیده

 امروزه می­توان با روش­های بیوانفورماتیکی داده­های حاصل از مطالعات و پلتفرم های مختلف را ادغام و از آن­ها بهره برد. در این مطالعه, با ادغام داده­های ریزآرایه و RNA-Seq بافت عضله گوسفند نژاد تکسل موجود در پایگاه داده به مقایسه پروفایل ترنسکریپتومی عضله در دو مقطع سنی جنینی و بلوغ پرداخته شد. برای محاسبه مقادیر بیانی عضله ریزآرایه مربوط به دوران جنینی از بسته­های نرم­افزاری Limma, Biobase و GEOquery در محیط R و برای محاسبه مقادیر بیانی عضله RNA-Seq از پروتکل Tuxedo و بسته نرم­افزاری HTSeq در محیط لینوکس و بسته­نرم­افزاری DESeq2 در محیط R استفاده شد. سپس دو نوع مقادیر بیانی ادغام شدند. نتایج نشان داد, در بافت عضله بین مقطع سنی بلوغ و جنینی بیان 62 ژن (37 ژن افزایش و 25 ژن کاهش بیان) اختلاف معناداری داشتند. با رسم شبکه ژنی بین ژن­های افتراقی, 15 ژن منتخب MYH1, ACTN3, CASQ1, TMOD4, FBP2, SLC2A4, MX1, COX4I1, SOD2, MFN2,UQCRB, UCP3, PRKAB2, PHKG2, PPP1R3C شناسایی شدند. عملکرد این ژن­ها در تکثیر سلولی, تشکیل میوفیبریل­ها و متابولیسم­های چربی­زایی ثابت شده­است. آنالیز هستی­شناسی ژن­های افتراقی نقش برخی از این ژن­ها مثل ACTN3 وCASQ1 را در فرآیندهای زیستی مثل توسعه سلول عضلانی مخطط, مسیرهای علامت دهی Calcineurin-NFAT و JAK-STAT آشکار کرد. این مطالعه علاوه بر تأیید روش ادغامی داده­های ناهمگن, دیدی کلی از تفاوت های ترنسکریپتومی بافت عضله­ گوسفند تکسل در دو مقطع مهم سنی را فراهم آورد تا ژن­های منتخب معرفی­شده منبع مفیدی برای بررسی های زیستی ژن های مربوط به رشد و نمو عضله باشد.

چندرسانه ای

  • ثبت نشده است.

    • استنادها

  • ثبت نشده است.

    • ارجاعات

  • ثبت نشده است.

    • استناددهی

    مقالات مرتبط نشریه ای

  • ثبت نشده است.

    • مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.

    • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.

    • کارگاه های پیشنهادی






    بازگشت به بالا
    telegram sharing button
    whatsapp sharing button
    linkedin sharing button
    twitter sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    sharethis sharing button