مقایسه روش های PCA و DAPC در تجزیه وتحلیل ساختار جمعیتی گاومیش های ایران با تراشه های اسنیپ 90k

Q: چگونه مقاله دانلود کنم؟

برای دانلود مقاله از SID، ابتدا وارد سایت شوید، عنوان مقاله را جستجو کرده و بر روی گزینه 'دانلود مقاله' کلیک کنید.

Q: چگونه مقاله ISI دانلود کنم؟

برای دانلود مقاله ISI در SID، کلمه کلیدی یا عنوان مقاله را در نوار جستجو وارد کرده و نتایج مرتبط را مشاهده کنید. سپس روی مقاله مورد نظر کلیک کرده و گزینه 'دانلود مقاله' را انتخاب کنید.

Q: چگونه میتوانم به پایگاه داده SID دسترسی داشته باشم؟

برای دسترسی به پایگاه داده SID، وارد سایت SID.ir شوید، یک حساب کاربری ایجاد کنید و سپس با ورود به حساب خود به منابع علمی دسترسی پیدا کنید.

Q: آیا دانلود مقاله از SID رایگان است؟

بعضی از مقالات در SID بهصورت رایگان در دسترس هستند، اما برخی دیگر نیاز به پرداخت هزینه دارند. اطلاعات بیشتر در صفحه مقاله مشخص شده است.

عزیزی زهرا; مرادی شهربابک حسین; مرادی شهربابک محمد

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

نشریه: علوم دامی ایران
:1396 | دوره:48 | شماره:2
صفحات :153-161

دانلود متن کامل

نسخه انگلیسی

بازدید:

1,487

دانلود:

834

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

مقایسه روش های PCA و DAPC در تجزیه وتحلیل ساختار جمعیتی گاومیش های ایران با تراشه های اسنیپ 90k

نویسندگان

عزیزی زهرا | مرادی شهربابک حسین | مرادی شهربابک محمد | صدور گواهی نویسنده

کلیدواژه

تراشه های اسنیپQ2

ساختار جمعیتیQ2

گاومیشQ2

PCAQ2

DAPCQ2

چکیده

اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دام ها در راستای اجرای بهتر برنامه های اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آن ها بسیار ارزشمند است. داده های ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچه تکاملی جمعیت ها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر, را فراهم می آورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیش های ایران روش های تجزیه وتحلیل مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه وتحلیل جداسازی مولفه های اصلی (DAPC) اجرا شد. از شمار 404 گاومیش از سه نژاد شمالی, آذری و خوزستانی خون گیری شد و تعیین ژنوتیپ با تراشه های اسنیپ 90k توسط شرکت پادانو در کشور ایتالیا انجام شد. نتایج به دست آمده از تجزیه مولفه های اصلی و تجزیه جداسازی مولفه های اصلی, جداسازی سه نژاد را به خوبی نشان داد و هر دو تصویر آشکاری از ساختار ژنتیکی جمعیت های مورد بررسی را نشان دادند. در روش DAPC, برای ارزیابی شمار بهینه خوشه با معیار ارزیابی BIC,K=3 بهترین نتیجه را نشان داد. نتایج اعتبارسنجی متقابل برای نگه داشتن شمار مولفه اصلی بهینه برای تجزیه وتحلیل تشخیصی, 50 مولفه اول MSE کمتری نسبت به مولفه های دیگر داشت. در این بررسی روش DAPC احتمال عضویت افراد جمعیت ها را با درستی 100 درصد پیش بینی کرد ولی روش PCA قادر به ارزیابی گروه ها نبوده و برای به دست آوردن تصویر روشن از واریانس بین جمعیت ها DAPC مناسب تر از PCA عمل می کند. روش DAPC در بررسی ساختار جمعیتی نسبت به روش PCA به دلیل افزایش واریانس بین گروه ها و کاهش واریانس درون گروه-ها و همچنین ارائه تصویر آشکاری از ساختار جمعیتی کارآمد بود و می تواند در کنترل کیفیت و تصحیح لایه بندی جمعیتی در بررسی های ارتباطی جایگزینی برای PCA باشد.

استنادها

ثبت نشده است.

ارجاعات

ثبت نشده است.

استناددهی

APA: کپی

عزیزی، زهرا، مرادی شهربابک، حسین، و مرادی شهربابک، محمد. (1396). مقایسه روش های PCA و DAPC در تجزیه وتحلیل ساختار جمعیتی گاومیش های ایران با تراشه های اسنیپ 90k. علوم دامی ایران ( علوم کشاورزی ایران)، 48(2)، 153-161. SID. https://sid.ir/paper/193608/fa

Vancouver: کپی

عزیزی زهرا، مرادی شهربابک حسین، مرادی شهربابک محمد. مقایسه روش های PCA و DAPC در تجزیه وتحلیل ساختار جمعیتی گاومیش های ایران با تراشه های اسنیپ 90k. علوم دامی ایران ( علوم کشاورزی ایران)[Internet]. 1396؛48(2):153-161. Available from: https://sid.ir/paper/193608/fa

IEEE: کپی

زهرا عزیزی، حسین مرادی شهربابک، و محمد مرادی شهربابک، “مقایسه روش های PCA و DAPC در تجزیه وتحلیل ساختار جمعیتی گاومیش های ایران با تراشه های اسنیپ 90k،” علوم دامی ایران ( علوم کشاورزی ایران)، vol. 48، no. 2، pp. 153–161، 1396، [Online]. Available: https://sid.ir/paper/193608/fa

مقالات مرتبط نشریه ای