مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

352
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

511
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

مقایسه عملکرد ابزارهای سرهم بندی ترنسکریپتوم در گیاه زعفران زراعی (.Crocus sativus L)

صفحات

 صفحه شروع 69 | صفحه پایان 80

چکیده

زعفران گیاه دارویی و ادویه ای ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و به عنوان منبع غنی از آپوکاروتنوئیدها در جهان محسوب می شود. به دلیل سایز بزرگ و پیچیدگی ژنوم زعفران توالی یابی آن به عنوان چالش مطرح است. با ظهور تکنیک های توالی یابی نسل بعد, توالی یابی RNA به عنوان منبع غنی مطالعات بیولوژیکی توسعه یافته است. سرهم بندی ترنسکریپتوم­ ها­ از تعداد بی شمار خوانش های کوتاه منبعی غنی برای مطالعه گونه هایی که ژنوم مرجع آن ها در دسترس نیست فراهم می کند. اما سرهم بندی قرائت­ ها و رسیدن به نتیجه مطلوب به ویژه برای گیاهان پلی­ پلوئید همواره یک چالش بزرگ محسوب می شود. در این مطالعه کارایی ابزارهای مختلف سرهم بندی با توجه به فاکتورهایی هم­ چون طول N50, تعداد کل یونی­ ژن ها و درصد هم ردیفی مورد مقایسه قرار گرفتند. نتایج نشان داد که Bridger به عنوان ابزاری بهتر جهت سرهم بندی قرائت­ های ترنسکریپتوم زعفران است که می­ تواند سرهم­ بندی بر اساس پارامترهای تعداد ترنسکریپت­ ها, طول N50, اندازه کل سرهم­ بندی و درصد هم ردیفی قرائت­ ها به ترنسکریپتوم فراهم آورد. Velvet/Oases بالاترین درصد درهم­ ریختگی را نشان می­ دهد که منجر می­ شود اعضای مختلف یک خانواده ژنی که شباهت بالایی به یکدیگر دارند در یک ترنسکریپت سرهم­ بندی شوند. نتایج حاصل از این تحقیق می تواند به محققان در جهت انتخاب بهتر ابزار سرهم بندی و توسعه ابزارهای موجود راهکارهایی را ارائه نماید.

استنادها

  • ثبت نشده است.
  • ارجاعات

  • ثبت نشده است.
  • استناددهی

    APA: کپی

    واحدی، مریم، سلامی، سیدعلیرضا، شکرپور، مجید، و رضادوست، حسن. (1398). مقایسه عملکرد ابزارهای سرهم بندی ترنسکریپتوم در گیاه زعفران زراعی (.Crocus sativus L). زراعت و فناوری زعفران، 7(1 )، 69-80. SID. https://sid.ir/paper/371586/fa

    Vancouver: کپی

    واحدی مریم، سلامی سیدعلیرضا، شکرپور مجید، رضادوست حسن. مقایسه عملکرد ابزارهای سرهم بندی ترنسکریپتوم در گیاه زعفران زراعی (.Crocus sativus L). زراعت و فناوری زعفران[Internet]. 1398؛7(1 ):69-80. Available from: https://sid.ir/paper/371586/fa

    IEEE: کپی

    مریم واحدی، سیدعلیرضا سلامی، مجید شکرپور، و حسن رضادوست، “مقایسه عملکرد ابزارهای سرهم بندی ترنسکریپتوم در گیاه زعفران زراعی (.Crocus sativus L)،” زراعت و فناوری زعفران، vol. 7، no. 1 ، pp. 69–80، 1398، [Online]. Available: https://sid.ir/paper/371586/fa

    مقالات مرتبط نشریه ای

    مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.
  • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.
  • کارگاه های پیشنهادی






    بازگشت به بالا
    telegram sharing button
    whatsapp sharing button
    linkedin sharing button
    twitter sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    sharethis sharing button