Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی
Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

495
Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

545
Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

شناسایی نشانگرهای EST-SSR عدس (Lens culinaris) تحت تنش سرما

صفحات

 صفحه شروع 1 | صفحه پایان 13

چکیده

 توسعه برنامه های به نژادی عدس برای مقابله با عوامل نامساعد محیطی نسبت به سایر حبوبات, به علت کمبود منابع ژنتیکی با چالش های بیشتری روبرو می باشد. نشانگرهای EST-SSR به دلیل ایجاد چندشکلی در نواحی کدکننده ژن ها, یکی از پرکاربردترین نشانگرهای مولکولی در بسیاری از برنامه های اصلاحی به شمار می روند. از این رو در تحقیق حاضر به منظور توسعه نشانگرهای EST-SSR در مقیاس بالا, از فرآیند سرهم بندی مجموعه خوانش های کوتاه حاصل از فناوری توالی یابی RNA عدس تحت تنش سرما و حالت طبیعی استفاده شد. به منظور اعمال تنش سرما, گیاهچه های 21 روزه عدس به مدت 48 ساعت در معرض دمای 4 درجه سانتی گراد قرار گرفتند. از نمونه های گیاهی تهیه شده, RNA کل استخراج شد و مورد توالی یابی قرار گرفتند. تعداد 8905 مکان ریزماهواره در 7211 یونی ژن حاصل از داده های RNA-seq عدس شناسایی شد که 1293 یونی ژن شامل بیش از یک مکان نشانگر SSR بود. فراوان ترین نوع نشانگر EST-SSR یافت شده از نوع تک نوکلئوتیدی بود. در این مطالعه موتیف های A/T, AG/CT و AAG/CTT به ترتیب بیشترین فراوانی را در بین موتیف های تک, دو و سه نوکلئوتیدی به خود اختصاص دادند. نتایج بلاست یونی ژن های حاوی SSR, نشان داد که 80 درصد از یونی ژن ها دارای رکورد مشابه در پایگاه پروتئین های غیرتکراری بودند. تفسیر کارکردی ژن ها, حضور یونی ژن های حاوی ریزماهواره را در زیر گروه های مهم پاسخ به تنش سرما نظیر اتصال, سلول و اجزای سلول و متابولیک را نشان داد. همچنین با توجه به نتایج می توان چنین اظهار نمود که اغلب نشانگرهای شناسایی شده در ژن هایی قرار داشتند که نقش مهمی در پاسخ به تنش سرما دارند و جایگاه احتمالی اغلب آن ها نواحی UTR می باشد. از این رو بررسی بیشتر این نواحی در رونوشت ژن های کاندید پاسخ دهنده به تنش سرما از اهمیت بیشتری برخوردار می باشد.

استنادها

  • ثبت نشده است.

    • ارجاعات

  • ثبت نشده است.

    • استناددهی

    APA: کپی

    سهرابی، سیدسجاد، اسماعیلی، احمد، نظریان فیروزآبادی، فرهاد، و فلاحی، حسین. (1397). شناسایی نشانگرهای EST-SSR عدس (Lens culinaris) تحت تنش سرما. زیست فناوری گیاهان زراعی، 7(22 )، 1-13. SID. https://sid.ir/paper/380309/fa

    Vancouver: کپی

    سهرابی سیدسجاد، اسماعیلی احمد، نظریان فیروزآبادی فرهاد، فلاحی حسین. شناسایی نشانگرهای EST-SSR عدس (Lens culinaris) تحت تنش سرما. زیست فناوری گیاهان زراعی[Internet]. 1397؛7(22 ):1-13. Available from: https://sid.ir/paper/380309/fa

    IEEE: کپی

    سیدسجاد سهرابی، احمد اسماعیلی، فرهاد نظریان فیروزآبادی، و حسین فلاحی، “شناسایی نشانگرهای EST-SSR عدس (Lens culinaris) تحت تنش سرما،” زیست فناوری گیاهان زراعی، vol. 7، no. 22 ، pp. 1–13، 1397، [Online]. Available: https://sid.ir/paper/380309/fa

    مقالات مرتبط نشریه ای

    مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.

    • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.

    • کارگاه های پیشنهادی





    بازگشت به بالا