مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

592
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

83
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

پپیش بینی جزایر CpG و متیلاسیون DNA در ژنوم گاو با استفاده از فراتحلیل ریزآرایه DNA و پویش ژنومی

صفحات

 صفحه شروع 95 | صفحه پایان 106

چکیده

متیلاسیون DNA نوعی تغییر فرا ژنتیکی است که به طور مستقیم بر روی DNA تاثیر می گذارد. در پستانداران متیلاسیون DNA برای تکامل جنینی و تمایز سلول بنیادی ضروری است و این پدیده اساساً درون جزایر CpGاتفاق می افتد. در این پژوهش برای بررسی نیم رخ متیلاسیون DNA ژنوم گاو, از دو روش استفاده شد. در روش اول نیم رخ متیلاسیون DNA ژن های با بیان متفاوت حاصل از فراتحلیل داده های ریزآرایه DNA بیماری ورم پستان گاو شیری به دست آمد. برای انجام فراتحلیل داده های ریزآرایه DNA در این روش, از بسته metaDE در محیط R استفاده شد. سپس جهت پیش بینی جزایر CpG در ژن های با بیان متفاوت از 5 الگوریتم شامل TJ, GF, CpG cluster, HMM, GHMM استفاده شد. در روش دوم نیم رخ متیلاسیون DNA با استفاده از پویش کل ژنوم گاو انجام گرفت. همچنین جهت پیش بینی جزایر CpG متیله شده در کل ژنوم, ابتدا توسط الگوریتم HMM جزایر CpG در ژنوم گاو و برای هر کروموزوم برآورد شدند و سپس هم پوشانی CpG باHypo/Hyper-Methylation توسط پایگاه برخط Galaxy محاسبه شد. نتایج روش اول نشان داد که از میان 32 ژن با بیان متفاوت, 14 ژن دارای جزایر CpG متیله شده بودند. این ژن ها, شامل ژن هایLTF, APP, CCL5, CD40, CSNK1D, CX3CL1, DAPP1, NFKBIZ, S100A9, ISG15, MAP3K8, MX1, RDAD2, ZC3H12A بودند. نتایج روش دوم تعداد 90668Hypo/Hyper-Methylation را در ژنوم گاو برآورد نمود که تعداد 9942 (%10. 96) جزیره CpG باHypo/Hyper-Methylation دارای هم پوشانی بودند و به عنوان CpG متیله شده در نظر گرفته شدند. مقایسات ژنومی بین گونه ای متیلاسیون DNA نشان داد که نیم رخ کلی متیلاسیون DNA در اکثر گونه های مورد بررسی تقریبا مشابه هم بودند و به نظر می رسد که نیم رخ کلی متیلاسیون DNA بین گونه های مختلف به صورت محافظت شده باشد. حاصل این پژوهش نشان داد کنکاش متیلاسیون DNA در بیماری هایی که میزان وراثت پذیری پایینی دارند و بیشتر تحت تاثیر فرایندهای فراژنتیک هستند, ضروری به نظر می رسد.

استنادها

  • ثبت نشده است.
  • ارجاعات

  • ثبت نشده است.
  • استناددهی

    APA: کپی

    بیرانوند، زهرا، میرحسینی، سیدضیاالدین، قادری زفره ایی، مصطفی، حسینی مقدم، سیدحسین، فاضلی، آرش، و زرین کاویانی، کیانوش. (1399). پپیش بینی جزایر CpG و متیلاسیون DNA در ژنوم گاو با استفاده از فراتحلیل ریزآرایه DNA و پویش ژنومی. پژوهش های تولیدات دامی، 11(29 )، 95-106. SID. https://sid.ir/paper/384842/fa

    Vancouver: کپی

    بیرانوند زهرا، میرحسینی سیدضیاالدین، قادری زفره ایی مصطفی، حسینی مقدم سیدحسین، فاضلی آرش، زرین کاویانی کیانوش. پپیش بینی جزایر CpG و متیلاسیون DNA در ژنوم گاو با استفاده از فراتحلیل ریزآرایه DNA و پویش ژنومی. پژوهش های تولیدات دامی[Internet]. 1399؛11(29 ):95-106. Available from: https://sid.ir/paper/384842/fa

    IEEE: کپی

    زهرا بیرانوند، سیدضیاالدین میرحسینی، مصطفی قادری زفره ایی، سیدحسین حسینی مقدم، آرش فاضلی، و کیانوش زرین کاویانی، “پپیش بینی جزایر CpG و متیلاسیون DNA در ژنوم گاو با استفاده از فراتحلیل ریزآرایه DNA و پویش ژنومی،” پژوهش های تولیدات دامی، vol. 11، no. 29 ، pp. 95–106، 1399، [Online]. Available: https://sid.ir/paper/384842/fa

    مقالات مرتبط نشریه ای

  • ثبت نشده است.
  • مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.
  • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.
  • کارگاه های پیشنهادی






    بازگشت به بالا
    telegram sharing button
    whatsapp sharing button
    linkedin sharing button
    twitter sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    sharethis sharing button