مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

393
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

546
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

مقایسه روش های تجزیه مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مولفه های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی

صفحات

 صفحه شروع 453 | صفحه پایان 462

چکیده

 ابداع روش های تعیین ژنوتیپ با توان بالا و مقرون به صرفه طی سالیان اخیر, امکان ارزیابی ساختار ژنتیکی و ارتباط میان جمعیت های یک گونه را با استفاده از اطلاعات ژنومی فراهم ساخته است. بررسی ساختار جمعیتی بر اساس نشانگرهای گسترده در سطح ژنوم, اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با روابط تکاملی و دسته بندی زیرجمعیت ها فراهم می کند. هدف از این تحقیق مقایسه دو روش تجزیه مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مولفه های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار و روابط بین جمعیتی سه نژاد اسب موجود در منطقه خاورمیانه شامل آخال تکه, عرب و کاسپین بود. به این منظور از داده های ژنومی بدست آمده از آرایه هایIllumina 50K SNP Beadchip در 61 نمونه از این نژادها استفاده شد. این تحقیق با همکاری پروژه کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد و کدهای مورد نیاز برای آنالیز داده ها در نرم افزار R تهیه شدند. نتایج حاصل نشان داد که در هر دو روش 8/10 درصد واریانس توسط دو مولفه اول توجیه می شود و هر دو روش سه جمعیت را جدا از هم خوشه بندی کردند. معیار ارزیابی تعداد بهینه خوشه بندی برای روش DAPC, معیار اطلاعات بیزی (BIC) بود که تعداد K=3 بهترین نتیجه را با کمترین BIC نشان داد. روش DAPC نسبت به روش PCA با نتایج بهتری همراه بود. در تعیین شمار بهینه K بهتر از روش PCA عمل کرد و تصویر بهتری از ارتباط بین افراد ارایه داد. همچنین در انتساب افراد به گروه های خود هر دو روش صحت بسیار خوبی ارایه دادند. در مجموع نتایج این تحقیق نشان می دهد با وجود اینکه نتایج تحقیقات گذشته این سه جمعیت را که مربوط به منطقه خاورمیانه هستند در یک خوشه از درخت همسایگی قرار می دهند, ولی با توجه به نتایج این پژوهش و با استفاده از روش های مورد استفاده در این تحقیق, سه نژاد به صورت مجزا گروه بندی می شوند و DAPC می تواند تصویر بهتری از روابط بین جمعیتی در نژادهای اسب ارایه دهد.

استنادها

  • ثبت نشده است.
  • ارجاعات

  • ثبت نشده است.
  • استناددهی

    APA: کپی

    بابایی، نسرین، رافت، سیدعباس، مرادی، محمدحسین، و فیضی درخشی، محمدرضا. (1400). مقایسه روش های تجزیه مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مولفه های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال تکه, عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی. پژوهش های علوم دامی ایران، 13(3 )، 453-462. SID. https://sid.ir/paper/957635/fa

    Vancouver: کپی

    بابایی نسرین، رافت سیدعباس، مرادی محمدحسین، فیضی درخشی محمدرضا. مقایسه روش های تجزیه مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مولفه های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال تکه, عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی. پژوهش های علوم دامی ایران[Internet]. 1400؛13(3 ):453-462. Available from: https://sid.ir/paper/957635/fa

    IEEE: کپی

    نسرین بابایی، سیدعباس رافت، محمدحسین مرادی، و محمدرضا فیضی درخشی، “مقایسه روش های تجزیه مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مولفه های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال تکه, عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی،” پژوهش های علوم دامی ایران، vol. 13، no. 3 ، pp. 453–462، 1400، [Online]. Available: https://sid.ir/paper/957635/fa

    مقالات مرتبط نشریه ای

  • ثبت نشده است.
  • مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.
  • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.
  • کارگاه های پیشنهادی






    بازگشت به بالا
    telegram sharing button
    whatsapp sharing button
    linkedin sharing button
    twitter sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    sharethis sharing button