هدف از پژوهش حاضر، ارایه یک الگوریتم اصلاح شده از TWINSPAN و معرفی توابع جدید برای توقف طبقه بندی در دارنگاره TWINSPAN است. TWINSPAN اصلاح شده، با تلفیق آنالیز ناهمگنی خوشه ها پیش از هر تقسیم، ضمن این که از تفکیک تحمیلی خوشه های همگن جلوگیری می کند، بلکه با اجرای فرآیند طبقه بندی به صورت گام به گام، محدودیت روش TWINSPAN معمولی مبنی بر این که تعداد خوشه ها در سطوح بعدی باید دو برابر سطح قبلی باشد را نیز برطرف می سازد. برای این منظور، طبقه بندی اکولوژیک جنگل های شمشاد فریم بر اساس مقادیر درصد تاج پوشش ترکیب گیاهی تعداد 60 قطعه نمونه 400 متر مربعی که به روش رولوه (انتخابی) برداشت شدند، با استفاده از دو روش TWINSPAN معمولی و اصلاح شده انجام شد. در این ارتباط، پنج روش آنالیز ناهمگنی شامل تنوع بتا ویتاکر و واریانس کل به همراه شاخص های فاصله ای عدم تشابه سورنسون، جاکارد و اورلوسی استفاده شد. همچنین، طبقه بندی خوشه ای رویشگاه بر مبنای ویژگی های توپوگرافیک رویشگاه و با استفاده از ضریب فاصله اقلیدوسی و روش خوشه بندی واردز انجام شد. نتایج حاصل از دو سری از شاخص های ناهمگنی با یکدیگر متفاوت بود و در این ارتباط، نتایج دو شاخص تنوع بتا ویتاکر با واریانس کل و نتایج سه شاخص عدم تشابه سورنسون، جاکارد و اورلوسی که به ترتیب به عنوان شاخص های تنوع و فاصله ای ناهمگنی به شمار می روند، مشابه هستند. به طور کلی، نتایج تحقیق حاضر تصریح می کند که روش TWINSPAN اصلاح شده به تغییر منطق طبقه بندی TWINSPAN منجر نشده است، بلکه با تغییر در سلسله مراتب تقسیم ها در فرآیند طبقه بندی به افزایش انعطاف پذیری روش TWINSPAN در تعیین گروه های اکولوژیک جنگل های شمشاد فریم منجر می شود.

از روش های مهم در داده کاوی نظارت نشده داده های ژئوشیمیایی، انواع روش های خوشه بندی است که چنانچه روی متغیرها انجام شوند منجر به کاهش ابعاد داده ها می شوند. در میان انواع روش های خوشه بندی، نوع فازی آن به دلیل ویژگی های خاص منطق فازی و انعطاف بیشتر در تعیین گروه های داده مشابه، در سالیان اخیر بسیار مورد توجه قرار گرفته است. در این پژوهش از الگوریتم فازی منعطف به نام FANNY به منظور خوشه بندی متغیرهای داده های ژئوشیمی رسوبات آبراهه ای که خاصیت ترکیبی دارند، استفاده شده است. با تحقیقات گسترده محققان علم آمار و ارائه روش های جدید بازکردن داده های ترکیبی، مشخص شده است که فاصله ها و روابط دیگری بر فضای این نوع داده ها حاکم است که برای درک بهتر آنها نیاز به انتقال ایزومتریک به فضای اقلیدسی است تا قابل استفاده و تفسیر با روابط کلاسیک آماری باشند. در پژوهش حاضر، پس از آماده سازی داده های ژئوشیمی رسوبات آبراهه ای منطقه انار کرمان (به عنوان مثالی از داده های ترکیبی با ابعاد زیاد) ابتدا دندروگرام اکتشافی روی متغیرها در فضای سیمپلکس و با استفاده از پارتیشن دودوئی ترتیبی (SBP) پیش فرض، محاسبه و ترسیم شد که با بکارگیری این روش، تعداد 4 خوشه با متغیرهای مشابه شناسایی شد. سپس دوباره با استفاده از الگوریتم fanny، همان متغیرهای داده های باز شده با تبدیل clr خوشه بندی شد. نتایج خوشه بندی متغیرها با الگوریتم fanny انطباق قابل قبولی با دندروگرام اکتشافی داده های ترکیبی نشان داد. در صورتی که SBP مورد نیاز برای بالانس های دندروگرام اکتشافی در مختصات ایزومتریک با شناخت کامل تر از متغیرها و نه بصورت پیش فرض تعیین شود نتایج دندروگرام دقت بسیار بهتری خواهد داشت.

هدف از انجام این تحقیق بررسی تنوع ریخت شناختی (مورفولوژیکی) 40 نژادگان (ژنوتیپ) تمشک سیاه بی خار و پی بردن به ارتباط آن ها با منابع بی خاری است. نمونه ها در کلکسیون تمشک سیاه دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری بر پایه ی صفات توصیفگر تمشک سیاه بررسی شدند. نتایج نشان داد، تنوع در صفات شمار بذر پوک، طعم، وزن و اسیدیته ی میوه به ترتیب با 100، 59، 43 و 42 درصد بالا بود. شمار بذر پوک با شمار شاخه (325/0) و مقطع عرضی شاخه (365/0) همبستگی مثبت و با قند میوه (393/0-) همبستگی منفی و معنی داری را نشان داد. خوشه بندی ریخت شناختی دو دسته ی جداگانه از نمونه های بی خار را از یکدیگر تفکیک کرد. در دسته ی اول که بر پایه ی صفات طول گل، نسبت قند به اسید و شمار و وزن بذر از دسته ی دوم جدا شده بود، دو رقم Thornless Evergreen و Everthornless که به ترتیب از نسل اول (شیمر یا بافت ناهمسان فراپوش) و دوم (به دست آمده از کشت بافت لایه ی شیمر) بی خاری تمشک سیاه بودند در یک زیرگروه قرار گرفتند. این دسته بیشترین شمار نژادگان بی خار را شامل می شد که بنابراین رایج ترین رقم های بی خار مازندران از نوع ژنتیکی و مغلوب (به دست آمده از کشت بافت لایه ی شیمر) هستند. نمونه های دگر نام آن ها نیز شناسایی شد. در دسته ی دوم رقم های پررشد و بی خار که به احتمال چندگان و متعلق به منبع بی خاری مرتون ’ Merton Thornless‘ بودند، از دیگران تفکیک شدند. بنابراین افزون بر منبع بی خاری مرتون، دو منشأ قدیمی تر بی خاری نیز در میان نمونه های موجود در ایران شناسایی شد. به نظر می رسد تفکیک دیگر نمونه های بی خار، ناشی از تداوم تکامل بی خاری در اقلیم متنوع شمال کشور بوده و ارزش بررسی های بیشتر را دارند.

ژن های سوبتیلیزین که سرین پروتئازها را کد می کنند، نقش بسیار مهمی در بیماریزایی درماتوفیت ها دارند. هدف این مطالعه بررسی حضور و تشابه ژن سوبتیلیزین در 25 نمونه کلینیکی و غیر کلینیکی دو درماتوفیت ترایکوفایتون وروکوزوم (ت. وروکوزوم) و میکروسپوروم جیپسئوم (م. جیپسئوم) به روش مولکولی و رسم دندروگرام بود ( 25/16 ). %64 سویه ها، حضور ژن را به خوبی نشان دادند. تحلیل آماری داده ها نشان از ارتباط بین حضور ژن سوبتیلیزین و میزبان (انسان/حیوان/خاک)، نوع درماتوفیت را نشان داد(P< 0. 005). با به کار گیری نرم افزار NTsys، متد UPGMA و کات آف نامبر70%، سویه های مورد مطالعه از نظرمشابهت ژن سوبتیلیزین در آنها، در10 ژنوتایپ متفاوت دسته بندی شدند (ضریب سیمپسون برای پرایمرها 0. 88 بود). به دلیل وجود گزارشات متفاوت مبنی بر حضور/عدم حضور ژن سوبتیلیزین در نمونه های بالینی و غیر بالینی ت. وروکوزوم و م. جیپسئوم، در این بررسی، پرایمرهای جدید برای تایید حضور ژن در نمونه ها (64%) طراحی و سنتز شد. گرچه نیاز به مطالعات کامل تر برای تاییدات بیشتر وجود دارد.

متن کامل این مقاله به زبان انگلیسی می باشد، لطفا برای مشاهده متن کامل مقاله به بخش انگلیسی مراجعه فرمایید. لطفا برای مشاهده متن کامل این مقاله اینجا را کلیک کنید.

متن کامل مقاله های این شماره به زبان انگلیسی می باشد، لطفا برای مشاهده متن کامل مقالات به بخش انگلیسی مراجعه فرمایید.لطفا برای مشاهده متن کامل این مقاله اینجا را کلیک کنید.

سابقه و هدف: سنجد در سطح وسیعی در ایران کاشته می­ شوند و در عین حال رویشگاه­ های طبیعی محدودی نیز از گونه های آن دیده می­ شود. درخت سنجد در انواع مختلف خاک ­ها و شرایط رطوبتی یافت می­ شود اما ترجیحاً در دشت­ های سیلابی و مناطق ساحلی مرطوب رشد بهتری دارد. سنجد به عنوان یکی از محصولات مهم استان کرمان از جایگاه ویژه ای برخوردار است. سطح زیر کشت و میزان تولید سنجد در استان کرمان به ترتیب 309 هکتار و 1100 تن می­ باشد. در این استان، درختان بومی به ­دلیل خوش خوراکی میوه­ هایشان، عمدتاً در امتداد نهرها و حاشیه مزارع کاشته می­ شوند. با وجود چنین تنوع گسترده و با وجود پتانسیل زیاد برای تولید و صادرات این محصول داروئی و غذایی با ارزش به بازارهای جهانی، اطلاعات کمتری از تعداد گونه ­ها و تنوع ژنتیکی ژنوتیپ­ های بومی در دسترس است. این مطالعه به ­عنوان یک بررسی مقدماتی، بیانگر وجود میزان تنوع مورفولوژیکی بالایی در ژنوتیپ­ های سنجد بومی استان بود که اهمیت استفاده از آن­ها را در برنامه­ های به­ نژادی بعدی آشکار می ­سازد. مواد و روش­ ها: در این تحقیق، شش صفت کیفی شامل شکل میوه، عطر و طعم میوه، رنگ پوست میوه، تاریخ رسیدن میوه، تاریخ گل­دهی و شکل برگ و چهارده صفت کمی شامل طول پهنک، عرض پهنک، طول دمبرگ، عرض دمبرگ، طول خار، عرض خار، طول میوه، عرض میوه، طول بذر، عرض بذر، طول دم میوه، عرض دم میوه، وزن میوه و وزن بذر بین 22 ژنوتیپ بومی سنجد از مناطق سیرجان، بردسیر و کرمان مطالعه گردید. نتایج و بحث: نتایج وجود تنوع زیادی بین صفات ژنوتیپ­ ها را نشان داد. میانگین طول میوه 87/1 سانتی­متر، قطر میوه 12/1 سانتی­متر، وزن میوه 49/1 گرم، وزن بذر 52/0 گرم، طول برگ 27/4 سانتی­متر و عرض برگ 48/2 سانتی­متر مشاهده شد. بیشترین وزن میوه و کیفیت و عطر و طعم میوه در ژنوتیپ شماره (4) محمودآباد سیرجان گزارش گردید. بیشترین ضریب همبستگی مثبت در سطح احتمالی (p<0.01) به­ترتیب بین طول دمبرگ و طول خار (669/0= r)، طول دمبرگ و طول دم ­میوه (601/0= r) و طول میوه و قطر میوه (584/0= r) مشاهده گردید. تجزیه به مؤلفه ­های اصلی در صفات کیفی نشان داد که دو مؤلفه اول در برگیرنده 62% کل تغییرات بودند. در صفات کمی، 5 مؤلفه اول 74/77 % کل تغییرات را شامل شدند. بر اساس دندروگرام اسکتر­پلات صفات کمی و کیفی، کل ژنوتیپ­ ها به 3 گروه مجزا تقسیم شدند. در تحقیق حاضر، دسته بندی توده ­ها بر مبنی صفات کمی از پراکنش جغرافیائی آن­ ها تبعیت نمی­ کرد. نتیجه ­گیری: بیشترین وزن میوه در ژنوتیپ محمودآباد سیرجان که یک منطقه گرمسیری است، تعلق داشت و دارای طعم شیرین و عطر خوبی بود. بیشترین مقادیر همبستگی صفات در مؤلفه اول بین صفات تاریخ گل­دهی، شکل برگ، ابعاد برگ، میوه و بذر و همچنین وزن بذر مشاهده گردید. وجود صفات برگی برتر و برنامه های اصلاحی بعدی بر روی آن­ها می تواند دامنه استفاده از سنجد را از حالت صرفاً میوه­ای گسترش دهد. شرایط محیطی و قرار گرفتن در ارتفاع مختلف از سطح دریا، نقش چندانی در خوشه­ بندی ژنوتیپ­ ها نداشت.

گل نرگس شهلا (Narcissus tazetta) از تیره Amaryllidaceae، ازنظر ویژگی ­های زینتی و دارویی اهمیت فراوانی در دنیا دارد. هدف از این پژوهش بررسی تنوع 13 جمعیت نرگس از مناطق معتدل و گرمسیری کشور برای یافتن جمعیت­ های برتر از نظر کیفیت پس از برداشت، با توجه به شاخص ­های مورفولوژیک و بیوشیمیایی بود. این پژوهش به­ صورت طرح بلوک های کامل تصادفی با 4 تکرار در مزرعه انجام شد. در این تحقیق، شاخص­ های مؤثر بر کیفیت گل بریده شامل: تعداد ساقه گل دهنده، طول ساقه، وزن ساقه همراه گل، جذب محلول، کیفیت ظاهری، کلروفیل برگ، پرولین گلچه، کربوهیدرات­های محلول گلچه، فنول کل گلچه، محتوای مالون دی آلدئید گلچه، پروتئین گلچه، فعالیت آنزیم­های پراکسیداز و کاتالاز گلچه اندازه­ گیری شد. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که تفاوت بین جمعیت­ ها برای کلیه صفات بجز کیفیت ظاهری معنی ­دار بود. بر اساس تجزیه خوشه­ای داده­ های بیوشیمیایی، جمعیت ­ها در دو گروه اصلی تقسیم شدند. گروه اول شامل جمعیت ­های کازرون، بهبهان، جهرم، ایلام، شیراز و کرمان بود. در این گروه؛ صفات مهمی هم چون کلروفیل کل، جذب محلول و فنول کل بیش­ترین مقدار را داشتند. گروه دوم به دو زیر گروه تقسیم گردید. در زیر گروه الف جمعیت ­های خوسف، قائم­شهر و خرم آباد قرار داشتند و در زیر گروه ب اهواز، آبدانان، گچساران و مهران قرار گرفتنتد. زیر گروه الف صفاتی چون محتوای پرولین، مالون­دی آلدئید، آنزیم­های آنتی ­اکسیدانی پراکسیداز و کاتالاز عوامل مؤثر در این گروه بودند. در زیر گروه ب ویژگی­ های پروتئین کل و کربوهیدرات­های محلول بیش­ترین مقدار را داشتند. از لحاظ عمرگلجایی جمعیت­های اهواز، آبدانان، گچساران و مهران که بیش­ترین مقدار پروتئین کل و کربوهیدرات ­های محلول را در پایان آزمایش داشتند و محتوای پرولین، مالون­دی آلدئید، آنزیم­ های آنتی اکسیدانی پراکسیداز و کاتالاز آنها پس از گذشت 10 روز در سطح پایینی بود به­ عنوان جمعیت­های برتر معرفی شدند. به­ طور کلی این ارزیابی نشان داد تنوع مورفولوژیک و بیوشیمیایی بالایی در جمعیت­های بومی نرگس وجود دارد که می­تواند در نتیجه تنوع اقلیمی بسیار متفاوت در ایران و هم چنین جهش در این گیاه باشد. در مجموع درک چنین تنوع بالایی در مدیریت و حفاظت ژرم­پلاسم این گیاه مفید می باشد و بهنژادگر را در تعیین راهبردهای بهره­برداری، اصلاح و اهلی ­سازی و کشت و کار این گیاه یاری می­کند.

جنس سروکوهی (Juniperus sp.) یا ارس (از خانواده Cupressaceae) یکی از پر انتشارترین گیاهان رده مخروطیان در جهان بوده که بومی نواحی معتدل اوراسیا و آمریکای شمالی میباشد. در این مطالعه از نشانگرهای مولکولیRAPD  برای بررسی تنوع ژنتیکی 21 نمونه سروکوهی پارک ملی تندوره (جمع آوری شده از 6 رویشگاه که هر رویشگاه حاوی 3 یا 4 نمونه بود) استفاده شد. با استفاده از 7 آغازگر تصادفی، 58 باند قابل امتیازدهی ایجاد شد که 33 عدد از آنها (57%) چند شکل بودند. فاصله ژنتیکی جفت نمونه ها بین 129/0 تا 788/0 متغیر بود. میانگین هتروزیگوسیتی (Hs) محاسبه شده برای نمونه های درون رویشگاه ها 213/0 و تنوع ژنتیکی کل (HT) در بین تمامی نمونه ها 326/0 بود. شاخص Fst برابر با 346/0 و میزان جریان ژنی برابر با 944/0 بود. دندروگرام ترسیم شده با استفاده از روش UPGMA، دو گروه اصلی را در بین شش رویشگاه سروکوهی مشخص کرد که با نقشه جغرافیایی پارک سازگاری خوبی داشته و نمودار دو بعدی حاصل از  PCoA نیز آن را تایید کرد. با توجه به اینکه در مطالعه حاضر تنوع ژنتیکی درون هر رویشگاه خیلی بیشتر از تنوع ژنتیکی بین رویشگاه ها بود و آنالیز  AMOVA نیز معنی دار بودن این تفاوت را تایید کرد، و نیز به دلیل اینکه جریان ژنی بین رویشگاه ها به میزان نسبتا خوبی بود، بنابراین، تبادلات ژنی بین این رویشگاه ها را می توان به سهولت انتقال دانه گرده از منطقه ای به منطقه دیگر با کمک باد، پرندگان، حشرات و ... نسبت داد.

درگیاهان خانواده ی غلات (Poaceae) جنسTriticum L. شامل گندم نان و دیگر گونه های مهم زراعی است که اهمیت اقتصادی بسیار بالایی در تغذیه ی انسان دارند. در این پژوهش، تبارزایی مولکولی گونه های جنس Triticum L. دارای ژنگان (ژنوم) A (T. aestivum، T. turgidum، T. urartuو T. boeticum) بررسی شد. برای این منظور توالی های بین رونوشت-های ریبوزومی (ITS) با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی از روی DNAی ژنگانی استخراج شده از 26 ژنوتیپ از گونه-های بالا، افزایش و توالی یابی شد. توالی ها با استفاده از نرم افزار MEGA 5. 0 و با الگوریتم ClustalW هم ردیف شدند. ماتریس فاصله ها محاسبه و درخت واره ی ژنی ترسیم شد. نتایج نشان داد، طول توالی های ITS1 و ITS2 به ترتیب 650 جفت باز و 700 جفت باز و محتوای G+C به ترتیب 25/60 و 50/60 بود. حفاظت شدگی بالایی در نواحی ITS جمعیت ها مشاهده شد (63 و 88 درصد، به ترتیب). تحلیل تبارزایی (فیلوژنتیکی) انجام شده با استفاده از توالی های افزایش شده، به خوبی گندم های دیپلوئید و پلی پلوئید را در دو گروه جداگانه قرار داد. نتایج نشان داد، رابطه های نزدیکی بین T. aestivum و T. turgidum و همچنین بین T. urartu و T. boeticum وجود دارد. به طورکلی، این بررسی نشان داد، نشانگرهای مولکولی ITS برای بررسی های تبارزایی بسیار مناسب هستند.