مقدمه: اندومتریوز (EMS) یکی از بیماری های دستگاه تولیدمثلی زنان است که در آن، سلول های شبه رحم در دیگر نواحی بدن و خارج از رحم رشد می کنند. ماتریکس متالوپروتئینازها (MMPها) نقش مهمی در تخریب ماتریکس خارج سلولی و پاتوژنز اندومتریوز دارند. مطالعۀ حاضر اولین پژوهش برای بررسی ارتباط احتمالی میان واریانت های ژنتیکی rs7201 MMP-2 و MMP-9 rs17576 و خطر ابتلا به اندومتریوز در ایران است. مواد و روشها: این مطالعۀ مورد-شاهدی روی 100 زن سالم و 100 بیمار مبتلا به EMS انجام شد. تعیین ژنوتیپهای MMP-9 و MMP-2 با استفاده از تکنیک Tetra ARMS PCR انجام گردید. تجزیه وتحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار SPSS صورت گرفت. یافته های پژوهش: اختلاف آماری معنی داری در توزیع ژنوتیپهای MMP-9 AG (P<0. 001، 95%CI: 2. 13-7. 91، OR: 4. 11) و GG (P<0. 001، 95% CI: 4. 23-30. 3، OR: 11. 33) میان گروه کنترل و بیمار وجود داشت و آلل MMP-9 G با افزایش خطر ابتلا به اندومتریوز همراه بود (P<0. 001)؛ همچنین ارتباط معنیداری میان پلی مورفیسم rs7201 MMP-2 و EMS مشاهده شد. ژنوتیپ MMP-2 AC اثر حفاظتی بر اندومتریوز داشت (OR: 0. 27, 95% CI: 0. 15-. 049, P <0. 001) و آلل MMP-2 A با کاهش خطر ابتلا به اندومتریوز همراه بود (P<0. 001). بحث و نتیجه گیری: نتایج این مطالعه ارتباط معنیداری میان پلی مورفیسم های rs17576 MMP-9 و rs7201 MMP-2 و خطر ابتلا به اندومتریوز در جمعیت مطالعه شده در ایران را نشان داد. برای تأیید نتایج این مطالعه، به مطالعات دیگری با تعداد نمونۀ بیشتر در گروه های نژادی مختلف نیاز است.