ژن های miRNAs دسته مهمی از تنظیم کننده های بیان ژنی می‎باشند که نسبت به تنش های محیطی، پاسخ های متنوعی دارند و نقش کلیدی در تنظیم بیان ژن ها در مراحل پس از رونویسی ایفا می‎کنند. گل راعیperforatum)  Hypericum) بیشترین کاربرد را در درمان افسردگی به دلیل تأثیر هایپرسین و هایپرفورین دارد. پژوهش حاضر به منظور شناسایی miRNAهای حفاظت شده و ژن های هدف آن ها در محتوی رونوشت (Transcriptome) گل راعی صورت گرفت. ابتدا نمونه های حاصل از توالی یابی RNA گل راعی از بانک اطلاعاتیEMBL-EBI (ENA)  دریافت شدند، سپس ترنسکریپتوم این گیاه سرهم بندی گردید و رونوشت های غیر کدکننده به پروتئین شناسایی و به عنوان توالی های کاندید پیش ساز miRNA در نظر گرفته شدند. در نهایت از بین توالی های کاندید با استفاده از نرم افزار C-mii شش miRNA با نام های Hp-miR395، Hp-miR845d، Hp-miR414، miR159 Hp-،Hp-miR159e  و Hp-miR156c پس از اعمال فیلترهای سخت گیرانه شناسایی شدند. بررسی شبکه برهم کنش پروتئین-پروتئین ارتباط ژن های هدف با پروتئین های هدف به ویژه عوامل رونویسی را مشخص کرد. در مرحله بعد جهت تأیید ژن های هدف برای miRNAهای شناسایی شده محلول پاشی با غلظت های صفر (شاهد) و 200 میکرو مولار متیل جاسمونات بر روی گل راعی انجام شد و الگو ی تغییرات بیان دو ژن هدف بررسی گردید. در بررسی تغییرات میزان بیانqRT-PCR  در زمانهای 12، 24، 48 و 72 ساعت پس از اعمال تیمار متیل جاسمونات، افزایش سطح بیان نسبی برای رونوشت های (DN121523_c1_g4_i2) Hyp-1 و HD-Zip  (DN121003_c0_g1_i1) پس از 72 ساعت از کاربرد با متیل جاسمونات مشاهده شد. در مجموع با توجه به نقش تنظیمی miRNAهای شناسایی شده در مطالعه‎ ی حاضر، می ‎توان از این ژن ها در شناسایی بهتر و دقیق تر مسیر بیوسنتزی هایپرسین و هایپرفورین استفاده کرد.

بتا تالاسمی یک گروه از اختلال های خونی ارثی با وراثت اتوزومی مغلوب است. موثرترین روش برای کاهش این بیماری ارثی، تشخیص پیش از تولد است. نمونه برداری تهاجمی جهت بررسی جنین با خطر سقط تقریبی یک درصد برای جنین همراه است. DNA ی آزاد جنینی در پلاسما مادر، منبع بسیار خوبی از مواد ژنتیکی برای تشخیص های مولکولی پیش از تولد جنین است. (RHDO) Relative Haplotype Dosage Analysis که بر اساس هاپلوتیپ است، به عنوان یک کاربرد در تشخیص پیش از تولد امیدبخش است. هدف از این مطالعه، بررسی بیماری بتا تالاسمی از طریق تکنیکNext-Generation Sequencing (NGS) با آنالیز (RHDO) است. در این مطالعه 5 زوج ناقل بتا تالاسمی (مینور) با روش Amplification Refractory Mutation System-Polymerase chain reaction (ARMS-PCR) نسبت به موتاسیونG>A IVSII-I تعیین ژنوتیپ شدند. طی حاملگی 10 سی سی خون از هر خانم باردار و همچنین نمونه ی بزاق از همسرانشان گرفته شد. نمونه ها به مرکز Genoma ایتالیا جهت بررسی با تکنیک NGS ارسال شد. در نهایت نتایج بدست آمده با روش تهاجمی مقایسه شد. نتایج بدست آمده از تکنیک NGS با آنالیز RHDO بدون نیاز به آنالیز فرد مبتلا با بررسی بلوک های هاپلوتیپی دارای دقت و صحت 100 درصد است. نتایج حاصل از Cell-free fetal DNA (cffDNA) طبق پروتکل کشوری برای بیماری بتا تالاسمی تایید شدند. از 5 نمونه ی جنینی بدست آمده از زوج های بالا که نسبت به موتاسیون IVSII-1 G>A بررسی شدند، ا جنین مبتلا، 2 جنین نرمال و 2 جنین مینور بودند. حساسیت و ویژگی تست NGS 100 درصد بود و همچنین ارزش پیش بینی کننده مثبت و منفی 100 درصد بود. تعیین توالی هدفمند پلاسمای مادری برای NIPD در بتا تالاسمی با استفاده از نرم افزار SHAPEIT برای آنالیز RHDO میسر است. بنابراین می توان با استفاده از نرم افزارهای جدید در این زمینه بدون نیاز به اطلاعات سایر اعضای خانواده هاپلوتیپ والدین را تهیه کرد.

امروزه گیاهان دارویی به دلیل دارا بودن متابولیت های مؤثر، در درمان بسیاری از بیماری ها مورد توجه و استفاده همگان قرار گرفته اند. یکی از این گیاهان آویشن است که حاوی گستره وسیعی از متابولیت های ثانویه مانند ترپن ها می باشد. روش های مختلفی برای افزایش این مواد ابداع شده است. در روش های کلاسیک از تغییر عوامل محیطی جهت افزایش تولید ماده مؤثره استفاده می گردد. در حالی که در روش های نوین از دست ورزی های ژنتیکی که بازده بالاتری نیز دارند بهره گرفته می شود. از جمله این رویکرد ها استفاده از نقش و عملکرد miRNAs می باشد. این RNAs بیان ژن را پس از رونویسی از طریق تجزیه mRNAs یا مهار ترجمه آن ها کنترل کرده و نقش های متنوعی را در فرآیندهای بیولوژیکی و متابولیکی در گیاهان و جانوران بازی می کنند. روش های متعددی برای شناسایی miRNAs موجود می باشد که یکی از ساده ترین و کم هزینه ترین آن ها، استفاده از ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی است. لذا به منظور شناسایی miRNAs متمایز در گونه های مختلف آویشن، مطالعه ای مبتنی بر جستجوی همولوژی با استفاده از اطلاعات ترانسکریپتومی گیاه آویشن انجام گرفت. ابتدا این اطلاعات پالایش و سپس همردیفی در برابر تمام miRNAs شناخته شده موجود در بانک اطلاعاتی miRBase انجام شد. بعد از غربالگری نتایج بر اساس شاخص هایی همچون طول و سطح e-value ساختار ثانویه miRNAs با ابزار UNAfold مورد بررسی قرار گرفت. شناسایی ژن های هدف با استفاده از ابزار psRNATARGET و بررسی روابط فیلوژنتیکی به روش حداکثر احتمال و ابزار RaxML انجام شد. در مجموع 64 miRNAs کاندید متمایز در گونه های مختلف آویشن شناسایی شدند که از این تعداد 14 عدد در مسیر سنتز ترپن ها قرار داشتند. از مهم ترین این miRNAs می توان به miR172 و miR396 اشاره کرد که در مطالعات پیشین نقش آن ها در مسیر سنتز ترپنوئیدها به اثبات رسیده است. درخت فیلوژنتیک توانست ارتباط میان miRNAs در گونه های مختلف را به خوبی نشان دهد.