فرآیند تمایز سلول های بنیادی از حالت پرتوان خود بصورت سلول های متعهد و ویژه، مستلزم بروز تغییرات کلی در الگوی بیان ژن در آنها می باشد که تحت عنوان تغییرات فراژنی یا «اپی ژنتیک» نامیده می شود. مکانیسم های اپی ژنتیکی شامل تغییرات در سطح هیستونها، متیلاسیون DNA و تنظیمات وابسته بهRNA های غیر کد شونده، بعنوان عوامل اصلی کنترل بیان ژن در طی فرآیند رشد و نمو سلول مطرح هستند. با توجه به اطلاعات مربوط به توالی ژنوم، بررسی تغییرات اپی ژنتیکی می تواند درک خوبی در خصوص چگونگی امکان بنیادینگی و تمایز هدفمند سلول های بنیادی فراهم نماید.