هدف: مننژیت باکتریایی یکی از عفونت های جدی و گاهی کشنده است که روی سیستم اعصاب مرکزی تاثیر می گذارد. دانستن علت مننژیت ایجاد شده توسط عوامل ویروسی یا باکتریایی، به دلیل تفاوت در شدت بیماری و نیز درمان آن از اهمیت خاصی برخوردار است زیرا آنتی بیوتیک ها می توانند مانع از گسترش بعضی از این عوامل در بین مردم شوند. نیسریا مننژیتیدس و هموفیلوس آنفولانزا دو عامل مهم بیماری زا هستند که در ایجاد مننژیت حاد باکتریایی دخالت دارند. روش های مختلفی برای شناسایی نیسریا مننژیتیدس و هموفیلوس آنفولانزا استفاده شده است، اما علاوه بر طولانی شدن نیاز به روش های حساس تری برای شناسایی این بیماری زاها می باشد؛ بنابراین زمان آزمایش از حساسیت کمتری برخوردار بوده و انجام آن با مشکلاتی همراه است.مواد و روش ها: در این تحقیق برای شناسایی هموفیلوس آنفولانزا و نیسریا مننژیتیدس از روش (mPCR) Multiplex PCR استفاده شد. تایید اولیه این زیرگونه ها به روش بیوشیمیایی صورت پذیرفت. به منظور شناسایی با استفاده از واکنشmPCR ، دو جفت آغازگر اختصاصی ژن lic-1 برای هموفیلوس آنفولانزا و ژن opa برای نیسریا مننژیتیدس طراحی شد.نتایج: قطعه DNA تکثیر یافته برای هموفیلوس آنفولانزا 150 جفت باز و برای نیسریا مننژیتیدس 320 جفت باز بود. استرپتوکوکوس نمونیا به عنوان کنترل منفی استفاده شد و نتایج PCR آن با آغازگر طراحی شده منفی بود.نتیجه گیری: این مطالعه نشان داد که PCR خصوصا زمانی که نتایج رنگ آمیزی، کشت باکتری یا شناسایی آنتی ژن منفی بوده یا نتوان به طور قطعی نتایج آن ها را تایید نمود، یک تکنیک تکمیلی مفیدی برای تشخیص می باشد.