گونه های جنس شبدر از لحاظ مورفولوژیکی و سیتوژنتیکی تنوع زیادی نشان می دهند. تنوع کاریوتیپی در 11 گونه شبدر از منطقه شمال غرب کشور بر اساس شکل، تعداد و اندازه کروموزومها، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از مطالعه کاریولوژی نمونه های نوک ریشه نشان داد که 9 گونه با پایه کروموزومی 8 و x=7 دیپلوئید و 2 گونه با پایه کروموزومی x=8 تتراپلوئید می باشند. با اندازه گیری عاملهای A1 (شاخص عدم تقارن درون کروموزومی)، A2 (شاخص عدم تقارن بین کروموزومی)، TF% (درصد شکل کلی کاریوتیپ)، کلاس تقارن استبینز (SC) و فرمول کاریوتیپی مشخص گردید که گونه های T. pratense و T. canescens دارای کاریوتیپ متقارن تری می باشند. تجزیه واریانس با طرح پایه کاملا تصادفی با پنج تکرار برای داده های حاصل از اندازه گیری هفت ویژگی کاریوتیپی TL, DRL, CI, L/S, S, L) و (L+S نشان دهنده اختلاف معنی دار در بین گونه ها در سطح 1% بود. در مقایسه میانگین این هفت صفت نیز مشخص گردید که گونه T. canescens بیشترین طول بازوی کوتاه (S)، طول بازوی بلند (L) و طول کل کروموزوم (L+S) را دارد. بیشترین مقدار نسبت بازوها (L/S) در گونه T. echinatum و بیشترین مقدار شاخص سانترومری (CI) در گونه T. pratense مشاهده گردید. همچنین بیشترین مقدار دامنه طول نسبی کروموزومها (DRL) در گونه T. arvense و بیشترین مقدار طول کل ژنوم (TL) مربوط به گونه T. repens و T. ambiguum بود. تجزیه خوشه ای گونه ها به روش Ward توانست کل گونه ها را در فاصله اقلیدسی 2.53 در چهار گروه قرار دهد. بیشترین فاصله اقلیدسی بین دو گونه T. canescens و T. hybridum و کمترین فاصله اقلیدسی بین دو گونه T. phleoides و T. striatum بود. بر این اساس، گونه هایی که در یک گروه قرار می گیرند، صفات کاریوتیپی مشابه داشته و در نتیجه می توانند در تلاقی های بین گونه ای استفاده شوند.