مقدمه: با توجه به اهمیت اطلاعات در سازمان های مراقبت بهداشتی و درمانی، مشکلات بخش مدیریت اطلاعات سلامت می تواند نقش مهمی در اداره این سازمان ها داشته باشد. هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسی مشکلات بخش مدیریت اطلاعات سلامت و علل آن در ایران بود. روش بررسی: این مطالعه کاربردی به روش کیفی و Delphi در سال 1396 انجام گردید. ابتدا مشکلات بخش مدیریت اطلاعات سلامت و علل آن با استفاده از روش تحلیل مقایسه مداوم استخراج گردید. سپس اعتبار یافته های به دست آمده با استفاده از تکنیک Delphi و در دو راند مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: از دیدگاه افراد شرکت کننده در تحقیق، مشکلات مربوط به نابرابری سازمانی، ساختمان و محیط کار و قوانین و فرایندها به ترتیب با 89، 86 و 85 درصد، مهم ترین چالش های بخش مدیریت اطلاعات سلامت در بیمارستان ها بود. اصلی ترین دلایل به وجود آمدن این مشکلات نیز عدم وجود نظام صنفی (95 درصد) و امور مالی (92 درصد) بود. نتیجه گیری: بخش مدیریت اطلاعات سلامت بیمارستان ها با چالش های مختلفی مواجه است که علت اصلی آن مربوط به سیاست گذاری های کلان، فقدان قوانین و نگرش مدیران بیمارستان به این بخش می باشد.