ملاصدرا برخلاف فیلسوفان پیش از خود علم را غیر از وجود ذهنی می داند. از نظر وی علم، وجودی بدون ماهیت است و وجود ذهنی سایه ای از حقیقت علم است. این تمایز، نتایج متعدد و مهمی در مسایل مربوط به علم، در فلسفه پدید آورد: در حکمت متعالیه، ذهن انسان، منفعل نیست بلکه خود صور علمی را ایجاد می کند و با آنها متحد می شود و از طرفی، نفس انسان در حصول علم با عقل فعال نیز متحد می شود، لذا تمام اقسام علم، حضوری است و حکایت آن از واقع، ناشی از تطابق عوالم هستی است.