زمینه و هدف: استناد یکی از نمادهای ارزش مجلات علمی در عرضه دانش است. سهم خود - استنادی ها در مقایسه عملکرد مجلات بر اساس این شاخص، به ویژه در پایگاه های استنادی بین المللی، اهمیت دارد. هدف از این مطالعه مقایسه تاثیر خود - استنادی مجله در ضریب تاثیر مجله های لاتین پزشکی کشورمان در وبگاه علوم(WoS) و پایگاه استنادی علوم جهان اسلام(ISC) می باشد.روش بررسی: ضریب تاثیر 12 مجله در پایگاه WoS و 26 عنوان در پایگاه ISC در سال های 2006 تا 2009 با نگرش به نرخ خود - استنادی های مجله مورد مقایسه قرار گرفت. نرخ خود - استنادی در پایگاه ISC با استفاده از جدول مجلات استناد کننده و استناد شونده محاسبه گردید. برای مقایسه نرخ خود - استنادی بین دو پایگاه از آزمون های Wilcoxonو Mann-whitney استفاده شد. برای تعیین همبستگی خود - استنادی با ضریب تاثیر در وبگاه علوم از آزمون Pearson و در پایگاه استنادی علوم جهان اسلام از آزمون Spearman استفاده گردید. مقایسه همبستگی مورد بررسی بین دو پایگاه با تحلیل Covariance انجام شد.یافته ها: نرخ خود - استنادی مجله در دو پایگاه تفاوت معنی داری نداشت (P>0.05). در وبگاه علوم همبستگی قوی و مثبتی بین خود - استنادی مجله و ضریب تاثیر وجود داشت (P= 0.007 ,r=0.64). همبستگی در پایگاه علوم جها اسلام معنی دار نشد (p>0.05 ,rsp= 0.23). بین رابطه خود - استنادی مجله با ضریب تاثیر در دو پایگاه تفاوت معنی داری وجود نداشت (P=0.526).نتیجه گیری: توجه به نرخ خود - استنادی های مجله برای مقایسه ضریب تاثیر مجلات در داخل وبگاه علوم مهم تر از توجه به آن در مقایسه مجلات مورد بررسی بین دو پایگاه می باشد.