ارقام هیبرید حاصله از سیستم نر عقیمی WA حدود 90% تولید برنج هیبرید را در بر می گیرند. اکثر مطالعات نشان داده است که اعاده کنندگی باروری در این سیستم توسط دو ژن مستقل کنترل می شود. عدم اطلاع صحیح از ژنتیک ژن یا ژن های اعاده کننده باروری برای سیتوپلاسم نوع WA، هنوز آن را به صورت مساله ای حل نشده باقی گذاشته است. برای شناسایی ژن های اعاده کننده باروری (Rf)، جمعیت F2 حاصل از تلاقی IR58025A و IR42686R در مزرعه تحقیقاتی پرورش داده شد. برای اولین بار سه ژن کنترل کننده این صفت از طریق مدل اپیستازی غالب سه گانه با نسبت 63:1 (گیاهان بارور به عقیم) گزارش می شود. این سه ژن روی کروموزوم های 1، 7 و 10 با کمک نشانگرهای ریزماهواره (SSR) شناسایی شده اند. از 181 نشانگر SSR مورد استفاده در این مطالعه، 30 نشانگر، نوارهای متفاوتی بین والد نر عقیم (IR58025A) و والد بارور(IR42686R) نشان دادند. بقیه نشانگرها نوارهای مشابه بین والدین تولید نمودند و برخی از آنها نیز تکثیر نشدند. از 30 نشانگر حاصل، 5 نشانگر روی افراد نر عقیم F2 الگوی باندی مشابه با لاین نر عقیم تولید نمودند و در جمعیت F2 مورد بررسی قرار گرفتند. نشانگرهای ریزماهواره RM443 و RM315 پیوسته با ژنRf3 به ترتیب در فاصله 4.4 و 7.20 سانتی مورگان روی کروموزوم 1 قرار داشتند، در حالیکه RM6344 در فاصله نزدیک 6.6 سانتی مورگان نسبت به ژن RF1 روی کروموزوم 7 قرار داشت. ژن سوم (RF2) بین دو نشانگر RM258 و RM591 به ترتیب در فاصله ژنتیکی 4.4 و 22 سانتی مورگان روی کروموزوم 10 قرار داشت.