قارچ های تشکیل دهنده فلور طبیعی سطح چشم در شرایط خاص به مانند جراحت قرنیه به صورت پاتوژن عمل می کنند. بنابراین شناخت فلور قارچی ملتحمه حیوانات سالم به منظور درمان سریع و مناسب در موارد کراتومایکوز حائز اهمیت می باشد. هدف پژوهش حاضر جداسازی و شناسایی فلور قارچی فورنیکس ملتحمه اسب ها و قاطرهای سالم در منطقه ارومیه می باشد. نمونه ها از ته کیسه پائینی ملتحمه هر دو چشم 35 سر اسب و 50 سر قاطر، بدون نشانه بالینی از التهاب چشم اخذ گردید. نمونه ها در محیط سابرو دکستروز آگار کشت و به مدت 10 روز در دمای 25 درجه سلسیوس نگه داری شدند. در مجموع 191 جدایه از 13 گونه قارچی شناسایی گردید. آسپرژیلوس ها از قارچ های رشته ای با فراوانی 48.63% و 34.14% به ترتیب در اسب ها و قاطرها جدایه های غالب بودند. قارچ های جدا شده قابل مقایسه با مطالعات انجام گرفته بر روی اسب های دیگر کشورها می باشد. مطالعه حاضر اولین گزارش برای فلور قارچی کیسه ملتحمه قاطر می باشد.