زمینه: هدف این مطالعه مقایسه فلوکسیتین از گروه مهارکننده های انتخابی باز جذب سروتونین با داکسی پین، داروی نسل جدید با تاثیرات آنتی هیستامینیک از گروه ضدافسردگی های سه حلقه ای در درمان بیماران مبتلا به سندروم روده تحریک پذیر میباشد.روش ها: در این کارآزمایی، تعداد 200 بیمار مراجعه کننده به بیمارستان امام رضا کرمانشاه در سال 86–1385 با تشخیص سندروم روده تحریک پذیر بر اساس معیارهای RomeII به طور تصادفی به دو گروه تقسیم شدند. سپس هر گروه، تحت درمان خاصی (گروه اول فلوکسیتین 20 میلی گرم روزانه و گروه دوم داکسی پین 20 میلی گرم روزانه) به مدت 12 هفته قرار گرفتند. برای مقایسه مشخصات کمی از آزمون لون و T مستقل و صفات کیفی از آزمون من ویتنی و Z استفاده شد.یافته ها: متوسط سن در گروه فلوکسیتین (37±98 سال) و داکسی پین (37±02 سال) تفاوت معناداری نداشت. در گروه فلوکسیتین 40 نفر و در گروه داکسی پین 42 نفر مذکر بودند که تفاوت معناداری نداشت. اثر داکسی پین در روی گاز روده، کاهش قوام مدفوع، افزایش قوام مدفوع، نیاز فوری به دفع و احساس عدم تخلیه کافی بیش تر از فلوکسیتین بوده و اثر فلوکسیتین در روی درد شکم و کاهش دفعات اجابت مزاج بیشتر از داکسی پین بوده است (p<0.05). پاسخ مثبت در مورد بهبودی کلی حدود 50 درصد اوقات پس از درمان در گروه داکسی پین 67 درصد و در گروه فلوکستین 52 درصد بود (P<0.022).نتیجه گیری: بر اساس نتایج این مطالعه، داکسی پین داروی نسل جدید ضد افسردگی در مقایسه با فلوکسیتین، در روی بیشتر علایم روده تحریک پذیر اثر بهتری دارد. در صورت نیاز به داروهای ضد افسردگی در درمان سندروم روده تحریک پذیر غیریبوستی، داکسی پین به عنوان داروی انتخابی پیشنهاد می شود.