در تحقیق حاضر مطالعه فیلوژنتیک جمعیت گوسفند وحشی تنگ صیاد (استان چهارمحال و بختیاری) وکرایی (استان خوزستان) با استفاده از 5 نشانگر ریزماهواره ای (BM6444, MCMA2, MCM63, LSCV38, OARAE129) در سال 1388 به مدت یکسال انجام شد. واکنش های PCR برای تمامی 5 نشانگر مورد مطالعه بخوبی انجام و هر نشانگر مورد بررسی قرار گرفت. در جمعیت گوسفند وحشی دو منطقه مورد مطالعه، نشانگرهای OARAE129, LSCV38, MCM63 انحراف بسیار معنی داری را از تعادل هاردی - واینبرگ نشان دادند و 60 درصد جایگاه ها پلی مورف که شامل 3 نشانگر LSCV38, MCM63, OARAE129 می باشد و 2 نشانگر BM6444، MCMA2 مونومورف بودند. پایین بودن میانگین تعداد آلل به ازای هر جایگاه (1.6 آلل) نشاندهنده پایین بودن سطح تنوع ژنتیکی در گوسفندان وحشی مورد نظر می باشد. برای محاسبه فاصله ژنتیکی بین دو جمعیت گوسفند وحشی از شاخص Nie (1978 و 1972) استفاده گردید که بر اساس آن جمعیت گوسفند وحشی منطقه تنگ صیاد و کرایی دارای تشابه ژنتیکی بالایی (0.5961) و (0.9771) و فاصله ژنتیکی پایینی (0.0392) و (0.0232) داشتند. بوجود سطح متوسط هتروزایگوسیته مشاهده شده نیز نشان دهنده خطری است که آینده و بقای این حیوان وحشی را تهدید می کند.