کوئینون ها گروه متنوعی از لیپیدهای متصل به غشا هستند که به عنوان ناقل در زنجیره ی انتقال الکترون عمل می کند و در تمام رده های موجودات زنده وجود دارد. مهمترین کلاس آنها یوبی کوئینون، پلاستوکوئینون، مناکوئینون می باشد. مناکوئینون فقط در باکتری ها و آرکاها وجود دارد. گروههای قطبی سر بیان کننده ی نوع کوئینون و عامل ایجاد تنوع می باشد. در آنالیز لیپیدهای غشایی، کوئینون ها یک پروفایل از ویژگی های تاکسونومیکی بر اساس واکنش زنجیره پلیمراز (PCR) را در بیومس میکروبی موجود در نمونه های محیطی ارائه می دهد. هدف از این پژوهش بررسی و مطالعه نقش کوئینون ها به عنوان مارکر در تکامل آرکی ها می باشد. از این رو شرایط اکسید –,احیا و متابولیسم کنترل مهمی جهت حضور فراوانی و پیدایش کوئینون های خاص در میکروارگانیسم هاست. علاوه بر عملکرد کوئینون در زنجیره ی انتقال الکترون، در سازگاری غشا با تنش های محیطی نیز نقش دارند. حضور کوئینون های تنفسی در آرکا بیشترین بررسی دستاوردهای ژنتیکی را روی تاریخچه ی تکامل بیوسنتز کوئینون حمایت می کند. کوئینو نهای تنفسی به عنوان بیومارکر لیپیدی درک برهمکنش های میکروبی را فراهم می کند. از این رو بیوسنتز مناکوئینون در قدیمی ترین اجداد آرکا و باکتری ها وجود داشته است و پتانسیل رداکس کم مناکوئینون وجود اجداد قدیمی آرکا را در محیط احیایی تقویت می کند. در نتیجه ی توزیع تاکسونومیکی هترزژنوس، تنوع کوئینون ها در میان گونه های آرکایی دریچه ای را به سمت تاریخچه ی تکاملی بیوسنتز کوئینون فراهم کرده است با توجه به اختلاف ویژگیهای کوئینون ها در سویه های آرکایی، این تنوع می تواند مربوط به اختلاف ویژگی زیستگاه و استراتژی های سازش و متابولیسم باشد. بنابراین توزیع و تنوع ساختاری کوئینون ها در آرکاها اطلاعات تاکسونومیکی وسیعی را در بر دارد و بیومارکر بسیار بالقوه برای طبقه بندی آرکا در محیط و بررسی تکامل زنجیره ی انتقال الکترون می باشد.