ساخت سازه های متعدد سبب قطع مسیر مهاجرت ماهیان رودخانه می شود. مؤثر ترین روش برای برقراری مجدد جریان، ساختن راه ماهی است. راه ماهی شبه طبیعی از جمله سازه های احداث شده برای این منظور طی دو دهه ی اخیر در جهان است. به منظور احیای رودخانه ها و تأمین توسعه ی پایدار سامانه ی رودخانه، ضروری است تا مهندسان رودخانه در کشور به دنبال طراحی سازه هایی سازگار با محیط زیست، همچون راه ماهی شبه طبیعی باشند. هدف از پژوهش حاضر، ارائه ی مبانی بومی سازی طراحی راه ماهی شبه طبیعی و طراحی آن برای یکی از رودخانه های ایران و ارزیابی آن به عنوان زیستگاه آبزیان است. برای پیاده سازی یک نمونه ی طراحی، رودخانه ی جاجرود به دلیل احداث چهار بند روی آن و قطع شدن مسیر مهاجرت گونه ها، انتخاب شد. مسیر کانال کنارگذر با استفاده از سرریزهایی با افت هیدرولیکی 25/0 متر طراحی شد و استخرهایی به عرض چهار و طول پنج متر و میزان تلفات انرژی 1/98 وات بر مترمکعب و خیزآب هایی به عرض دو متر در طراحی مورد توجه قرار گرفت. همچنین، با استفاده از مدل ریاضی PHABSIM ارزیابی مطلوبیت زیستگاه راه ماهی طراحی شده صورت گرفت و مشاهده شد که درصد عرض مطلوب رودخانه در دبی طراحی در استخرها برای هر یک از گروه های سنی به ترتیب96/1، 97/43 و 93/41 درصد و در خیزآب ها 82/5، 5/38 و 2/18 است. مطلوبیت زیستگاه استخرهای استراحت در مقایسه با زیستگاه های خیزآب مناسب تر بود و نتایج بررسی ها نشان داد ماهیان در زیستگاه خیزآب به خلاف زیستگاه استخرها، کناره های راه ماهی را به دلیل سرعت های مطلوب تر به عنوان زیستگاه انتخاب می کنند.