در این مطالعه به منظور برآورد کارایی اقتصادی تعاونی های تولید کشاورزی شهرستان بوئین زهرا از روش تحلیل پوششی داده های تصادفی (SDEA) استفاده شد. برای اولویت بندی مشکلات پیش روی تعاونی های کشاورزی این شهرستان در فرآیند مدیریت و نظام بازاریابی، رهیافت تحلیل سلسله مراتبی (AHP) و معیار آنتروپی مورد استفاده قرارگرفت. داده های موردنیاز مربوط به سال 92-1391 بود که با تکمیل پرسشنامه و مصاحبه حضوری با 43 نفر از اعضای تعاونی ها جمع آوری شد. برای تعیین حجم نمونه از روش نمونه گیری تصادفی ساده و فرمول عمومی کوکران و جهت بررسی روایی و پایایی پرسشنامه تنظیمی از روش آلفای کرونباخ استفاده شد. نتایج نشان داد که میانگین کارایی تصادفی تعاونی های کشاورزی شهرستان بوئین زهرا در سطح پایینی (79 درصد) قرار دارد و واحدهای دامداری کمترین میزان کارایی را دارا می باشند. همچنین، نتایج نشان داد که سیاست های نامناسب در قیمت گذاری و نوسانات قیمتی محصولات کشاورزی، خدمات پایین در زمینه بسته بندی، فرآوری، بازاریابی و توزیع محصولات و نبود برنامه ریزی جامع بلند مدت از سوی مدیران به ترتیب اولویت های اول، دوم و سوم را در نا کارآمدی فرآیند مدیریت و نظام بازاریابی تعاونی های منطقه دارند. در پایان با توجه به نتایج به دست آمده، انجام مطالعات مکان یابی پیش از تاسیس تعاونی ها، ارائه تسهیلات و وام های با نرخ بهره کم به واحدهای دامداری، انتقال تجارب و تخصص تعاونی های موفق به تعاونی های ناکارآمد و تقویت و حمایت از نظام بازاریابی جهت مرتفع نمودن مشکلات پیش روی تعاونی های کشاورزی شهرستان بوئین زهرا و افزایش کارایی آن ها پیشنهاد شد.