منابع طبیعی که بستر حیات و توسعه پایدار است، نقش مهمی در ایجاد اشتغال و امرار معاش بهره برداران دارد و منشا بسیاری از فعالیت های تولیدی و اقتصادی کشور است. از این رو، حفظ، توسعه، احیا و بهره برداری پایدار از منابع طبیعی باید در اولویت قرار گیرد. در این مقاله پیامدهای اجرای طرح هدفمندی یارانه ها بر منابع طبیعی کشور با استفاده از تجزیه و تحلیل آمار و اطلاعات وزارتخانه های جهاد کشاورزی و نیرو بررسی شد. پیامدها به دو دسته مثبت و منفی تقسیم شدند. از جمله پیامدهای مثبت حذف یارانه ها می توان به کاهش آلودگی هوا، خاک، آب و کاهش مصرف سوخت های فسیلی، کود و سموم شیمیایی اشاره کرد. همچنین، افزایش قیمت آب می تواند باعث اصلاح الگوی مصرف آب شرب و کشاورزی شود و به تغذیه آب های زیرزمینی و آبخوان ها کمک کند. هدفمندی یارانه ها می تواند موجب اصلاح الگوی مصرف و گرایش به سمت انرژی های تجدیدپذیر طبیعی شود که نقش عمده ای در پایداری محیط زیست دارند. از جمله پیامدهای منفی اجرای هدفمندی یارانه ها افزایش قیمت حامل های سوخت، انرژی، علوفه دام است که به شدت به بوته کنی و جنگل تراشی منجر می شود. همچنین، حذف یارانه واحدهای تولیدی کشاورزی پیامدهای منفی را به دنبال دارد. درحالی که افزایش قیمت نهاده های دامی و هزینه های نگهداری باعث افزایش اتکای دام به مراتع می گردد که اثرهای آن تخریب و تصرف هر چه بیشتر این عرصه هاست. بنابراین، ضرورت دارد که پیش از اجرای هر قانون و سیاستی، به پیامدهای آن بر تمامی بخش های کشور و به ویژه بر حوزه منابع طبیعی توجه شود.