مسأله پژوهش شناخت علل فراز و فرود روابط بین جمهوری اسلامی ایران و جریان متنفذ شیعی صدر عراق است. هدف این پژوهش نیز تحلیل لایه های علی فراز و فرود در روابط از سال 2003 تا 2022 م و بررسی سناریوهای آینده روابط بین طرفین است. ضمناً از اهداف فرعی این مقاله، رفع خلأ پژوهشی در این زمینه است. روشی که پژوهش این مقاله بر اساس آن شکل گرفته، روش «تحلیل لایه ای علّت ها» یا روش «علّی لایه ای» سهیل عنایت الله است؛ و جمع آوری اطلاعات به صورت کتابخانه ای و اسنادی و مصاحبه با کارشناسان و تحلیلگران زُبده حوزه عراق شکل گرفته است. بر مبنای یافتههای پژوهش، چالشها و اختلافات اصلی جریان صدر و ایران عبارت اند از: پیشینه تاریخی منازعه عرب- عجم در عراق، گرایش های پان عربیستی جریان صدر، حمایت های ایران از رقبای مقتدی صدر در عرصه سیاسی عراق، انشقاق فرماندهان «جیش المهدی» از جریان صدر و اتحاد با ایران، تأثیر مخرب برخی کشورهای عرب منطقه و ... است. بر اساس یافته های این پژوهش، تشدید و تأکید جریان صدر بر گفتمان پانعربیستی و ملیگرایی عربی، تأکید بر مرجعیت شیعی- عربی در مقابل مرجعیت فارسی در عراق و همچنین ادامه حمایت های علنی جمهوری اسلامی ایران از رقبای سیاسی این جریان در میدان پیچیده سیاسی عراق احتمال کاهش روابط بین ایران و جریان صدر را در پی خواهد داشت. در مقابل با تمرکز جریان صدر و ایران بر مسائل همگرا کننده؛ مانند تاریخ مشترک، سرنوشت مشترک، اشتراکات دینی و مذهبی فراوان و نیز میانجیگری جمهوری اسلامی ایران برای برطرف کردن اختلافات مابین احزاب و گروه های شیعی عراق و جریان صدر قطعاً در بهبود و تقویت روابط مؤثر خواهد بود.