مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
سال:1403 | دوره:16 | شماره:2 |تعداد مقالات:12

هدف: گیاه مورینگا (. Moringa oleifera L) عضوی از خانواده ی Moringaceae است که به دلیل داشتن ترکیبات شیمیایی دارویی قابل توجهی از جمله فلاونوئیدها، کومارین ها، کینون ها، ترکیبات فنلی و آلکالوئیدی شناخته می شود. در این پژوهش شرایط بهینه تولید بافت کالوس از ریزنمونه های برگ گیاه مورینگا و اندازه گیری ترکیبات بیوشیمیایی کالوس های حاصل بررسی شد. مواد و روش ها: جهت تولید بافت کالوس ریزنمونه های برگ گیاه مورینگا روی محیط کشت MS حاوی تنظیم کننده های رشد گیاهی مختلف Kin یا BAP (صفر، 1/0 و 5/0 میلی گرم بر لیتر) به تنهایی و یا در ترکیب با 2,4-D یا NAA و یا IBA (هر یک در غلظت های صفر، 5/0، 1، 2 و 4 میلی گرم در لیتر) کشت شدند و درصد تولید بافت کالوس، ریشه و اندام هوایی و ترکیبات بیوشیمیایی حاصل (مقدار فلاونوئید کل و محتوای آنتوسیانین ) پس از 3 الی 4 هفته ثبت شدند. نتایج: در این پژوهش درصد تولید بافت کالوس، ریشه و اندام هوایی حاصل از بافت کالوس و هم چنین وزن تر کالوس جمع آوری شده بین اکثر تیمارهای هورمونی و تیمار شاهد اختلاف معنی داری نشان داد. بهترین تیمار هورمونی از نظر درصد تولید بافت کالوس (100 درصد) مربوط به محیط کشت MS حاوی 2 میلی گرم در لیتر 2,4-D و 5/0 میلی گرم در لیتر BAP بود. هم چنین از نظر درصد تولید ریشه از بافت کالوس نیز بهترین (100 درصد) مربوط به محیط کشت های MS حاوی 2 یا 4 میلی گرم در لیتر NAA و 5/0 میلی گرم در لیتر BAP بود. محیط کشت محیط کشت های MS حاوی 1 میلی گرم در لیتر NAA و 5/0 میلی گرم در لیتر BAP بیشترین درصد تولید اندام هوایی از نمونه کالوس های گیاه مورینگا (53/30 درصد) را به خود اختصاص داد. هم چنین از نظر میزان ترکیبات بیوشیمیایی کالوس های حاصل نیز بین تیمارهای مختلف اختلاف معنی داری مشاهده شد. نتیجه گیری: طبق نتایج حاصل، استفاده از هورمون های گیاهی بر مقدار تولید بافت کالوس، تولید ریشه و اندام هوایی، و هم چنین خصوصیات بیوشیمیایی گیاه مورینگا اثر مثبتی داشت. به طوری که با استفاده از هورمون های BAP و2-4-D در محیط کشت MS حداکثر میزان وزن تر کالوس به دست آمد. جهت افزایش خواص آنتی اکسیدانی و ضدسرطانی، افزایش مقدار فلاونوئید و آنتوسیانین کالوس های گیاهی اهمیت بسزایی دارد، که در پژوهش حاضر، بیشترین میزان ترکیبات بیوشیمیایی به خصوص میزان فلاونوئید تام و محتوای آنتوسیانینی در کشت درون شیشه ای گیاه مورینگا با افزایش غلظت اکسین و سیتوکنین همراه بود.

هدف: ریحان (Ocimum basilicum) یکی از گیاهان دارویی و سبزی بسیار مهم است که در سطح جهان کشت و مصرف می شود. یکی از جنبه های ضروری برنامه های اصلاح نباتات مطالعه همبستگی بین چندشکلی DNA و تنوع صفات فنوتیپی است. هدف از این تحقیق بررسی تنوع ژنتیکی پنج رقم ریحان در شرایط تنش خشکی با استفاده از نشانگر SCoT و صفات و همچنین انجام تجزیه و تحلیل ارتباط بین صفات و نشانگرها با رگرسیون گام به گام است. مواد و روش ها: در این پژوهش، پنج ژنوتیپ ریحان تحت شرایط تنش خشکی به صورت طرح اسپیلت پلات بر پایه طرح کاملا تصادفی با سه تکرار در گلدان و در شرایط گلخانه ای مورد مطالعه قرار گرفتند. فاکتور اصلی شامل تنش خشکی در دو سطح (نرمال و تنش خشکی) و عامل فرعی شامل ژنوتیپ (5 سطح) بود و صفات ریخت شناسی و فیزیولوژیک آن ها ارزیابی گردیدند. همچنین DNA ژنومی آن ها از برگ استخراج گردید و تنوع ژنوتیپی ژنوتیپ ها بر اساس هشت آغازگر SCoT بررسی شد و در نهایت ارتباط بین صفات و نشانگرها با رگرسیون گام به گام مشخص گردید.نتایج: همبستگی صفات در دو شرایط نشان داد که عملکرد برگ همبستگی مثبت و معنی داری با صفات صفات ارتفاع بوته و کلروفیل کل داشت. درصد تغییرات صفات در شرایط تنش نشان داد که صفات طول ریشه، کلروفیل a و کلروفیل کل بیشترین کاهش را داشتند و تجزیه خوشه ای براساس آنها، ژنوتیپ ها را در سه گروه و صفات را نیز در سه گروه قرار داد. هشت آغازگر در مجموع تعداد 101 نوار چندشکل تکثیر کردند و ScoT1 با 17 نوار چندشکل، بیشترین نوار رو تولید کرد. تجزیه خوشه ای به روش جفت گروه بدون وزن با میانگین حسابی و معیار شباهت دایس بر اساس داده های SCoT، پنج ژنوتیپ ریحان را در سه گروه قرار دادند. نتایج تجزیه رگرسیون نشان داد که به ترتیب در شرایط نرمال و تنش خشکی، 15 و 12 نشانگر (آلل) با صفات مورد مطالعه رابطه معنی داری پیدا کردند.نتیجه گیری: انتخاب بر اساس نشانگرهای مولکولی روشی سریع برای برنامه های اصلاحی ارائه می دهد. اطلاعات ژنتیکی به دست آمده نشانگرها در این مطالعه نقش مهم آنها را نشان داد. بنابراین در کنار صفات، انتخاب ژنوتیپ های برتر و جمعیت های با ارزش بالا در برنامه های اصلاحی امکان پذیر است. یافته ها نشان داد که نشانگرهای خاصی با صفات متعدد مرتبط هستند و بر اهمیت حیاتی این ویژگی در اصلاح گیاهان برای بهبود همزمان صفات متعدد تأکید کرد. بینش این مطالعه در مورد نشانگرها دارای پتانسیل برای کاربرد در برنامه های به نژادی است.

هدف: شناسایی سویه های حامل ژن های مقاومت به تتراسایکلین از جمله نکات حائز اهمیت در ارزیابی ایمنی سویه های دارای پتانسیل پروبیوتیک است. هدف از مطالعه حاضر ارزیابی جامع مقاومت تتراسایکلینی در میان گونه های لاکتوباسیلوسی جداسازی شده از دستگاه گوارش مرغ های خانگی ایران می باشد.مواد و روش‏ها: در مطالعه حاضر ابتدا الگوهای حساسیت فنوتیپی 36 جدایه لاکتوباسیلوسی متعلق به چهار گونه L.reuteri ،salivarius L.، L. crispatus و johnsonii L. با اندازه گیری حداقل غلظت بازدارندگی نسبت به تتراسایکلین ارزیابی گردید. پس از آن چهار ژن مقاومت به تتراسایکلین (L)tet، (M)tet، (W)tet و (O)tet در جدایه های دارای مقاومت فنوتیپی نسبت به این آنتی بیوتیک با روش واکنش زنجیره ای پلیمراز ردیابی گردیدند. نتایج: در نتیجه تست فنوتیپی بر مبنای حداقل غلظت بازدارندگی چهار جدایه L.reuteri، سه جدایهsalivarius L.، دو جدایهL. crispatus و چهار جدایه johnsonii L. از میان جدایه های مورد مطالعه مقاومت فنوتیپی نسبت به تتراسایکلین نشان دادند. پس از ردیابی ژن های مقاومت به تتراسایکلین درجدایه های دارای مقاومت فنوتیپی حضور ژن tet(W) درتمامی جدایه های مورد بررسی تائید گردید. حضور همزمان ژن های (M)tet، (L)tet و (W)tet در سه جدایه salivarius L. مورد مطالعه مشاهده گردید. علاوه بر آن مشخص گردید، مقاومت فنوتیپی مشاهده شده در سه جدایهL. johnsoniiABRIG7، L. johnsoniiABRIG14 و L. johnsoniiABRIG24 ناشی از حضور همزمان ژن های (O)tet و (W)tet می باشد.نتیجه‏گیری: این مطالعه نشان داد که مقاومت تتراسایکین موجود در میان جدایه های لاکتوباسیلوسی بدست آمده از دستگاه گوارش طیور بومی ایران ناشی از حضور منفرد یا چندگانه ژن های مقاومت نسبت به این آنتی بیوتیک می باشد. همچنین دریافتیم که (W)tet گسترده ترین ژن مقاومت به تتراسایکلین در میان جدایه های لاکتوباسیلوس مورد بررسی می باشد. بر اساس نتایج مطالعه حاضر پرورش دهندگان طیور بومی باید از استفاده خودسرانه تتراسایکلین خودداری نمایند و زمانیکه دستگاه گوارش مرغ های خانگی منبعی برای انتخاب میکروارگانیسم های پروبیوتیک است، لازم است ارزیابی مقاومت نسبت به تتراسایکلین از منظر فنوتیپی و ملکولی جهت انتخاب سویه های ایمن مورد توجه قرار گیرد.

گونه های آژیلوپس حاوی ژنوم U دارای بیشترین پراکنش در سطح دنیا می باشند و با توجه به محدودیت تنوع ژنتیکی در گندم های زراعی اصلاح شده، استفاده از این خویشاوندان وحشی و سایر گونه های آژیلوپس می تواند به عنوان منبع ژنی غنی و متنوع از الل های جدید و ایده ال برای به نژاد گران مورد استفاده قرار گیرد. از این رو، هدف این تحقیق ارزیابی تنوع ژنتیکی و بررسی روابط و ساختار جمعیت در گونه های آژیلوپس جمع آوری شده از نواحی مختلف ایران با استفاده از نشانگرهای CBDP بود.مواد و روش ها: در این مطالعه 77 توده وحشی آژیلوپس جمع آوری شده از 18 استان ایران و متعلق به پنج گونه Ae. biuncialis (ژنوم UUMM)، Ae. columnaris (ژنوم UUMM)، Ae. neglecta (ژنوم UUMM)، Ae. triuncialis (ژنوم UUCC) و Ae. umbellulata (ژنوم UU) با استفاده از 15 آغازگر CBDP مورد ارزیابی قرار گرفتند. پس از جمع آوری داده های مولکولی به دست آمده تجزیه و تحلیل های آماری با استفاده از نرم افزارهایGenAlEx ver. 6.502 ، DARwin ver. 6 و Structure ver. 2.3.4 انجام شد.نتایج: با توجه به نتایج به دست آمده، 15 آغازگر CBDP در مجموع 189 قطعه چند شکل (27/95 درصد) تکثیر نمودند. شاخص محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) در آغازگرهای مورد مطالعه، دارای دامنه تغییرات 28/0 (CBDP15) تا 42/0 (CBDP-2 و CBDP-4) و با میانگین 35/0 بود. نتایج تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) بیشترین درصد واریانس ژنتیکی را درون گونه ها (76 درصد) نشان داد. بررسی شاخص های ژنتیکی نشان داد گونه Ae. triuncialis از تنوع بیشتری نسبت به سایر گونه ها برخوردار بود. بیشترین میزان تشابه ژنتیکی بین Ae. biuncialis و Ae. columnaris (905/0) و Ae. biuncialis و Ae. neglecta (879/0) مشاهده گردید. تجزیه خوشه ای بر اساس داده های به دست آمده منجر به تفکیک کلیه توده های مورد بررسی در سه گروه اصلی شد. الگوی گروه بندی به وجود آمده دقیقآً منطبق با ساختار ژنومی گونه ها بود و نتایج تجزیه به مختصات اصلی، نتایج به دست آمده را تأیید نمود. در بررسی تجزیه ساختار جمعیت نیز مطابق با نتایج تجزیه خوشه ای و PCoA، توده ها بر اساس ساختار ژنومی، میزان تشابه ژنتیکی، و تشابهات جغرافیایی گروه بندی شدند.نتیجه گیری: نتایج حاصل از این پژوهش بیانگر سودمندی بالای آغازگرهای CBDP در ارزیابی تنوع ژنتیکی موجود در گونه های ژرم پلاسمی آژیلوپس بود. از این رو به نظر می رسد این نشانگرها قابلیت استفاده در برنامه های مرتبط با تهیه نقشه های ژنتیکی و مطالعات مولکولی فیلوژنتیک را دارند. همچنین وجود تنوع ژنتیکی بالا در میان برخی از گونه های آژیلوپس ایران می تواند چشم اندازه قابل توجهی را برای به نژادگران جهت استفاده از آن ها در برنامه های پیش اصلاحی

هدف: گیاه زنجبیل (Zingiber officinale Roscoe) یکی از گیاهان خانواده Zingiberaceae بوده و از مهم ترین ادویه های جهان است که ریزومی تند و معطر تولید می کند و خواص درمانی زیادی دارد. این گیاه توانایی تولید بذر را به دلیل عقیمی شدید ندارد. تکثیر گیاه از طریق ریزوم، هزینه های کشت و احتمال حمله عوامل بیماریزا را بالا می برد. بنابراین استفاده از روش های تکثیر کشت بافت می تواند کمک موثری در جهت افزایش نرخ تکثیر و کنترل آلودگی داشته باشد. برای حصول نتیجه بهتر برای کشت بافت، ریزنمونه باید از منابع مادری سالم، تازه و قوی حاصل شود. به دلیل آن که در کالوس و جنین زایی سوماتیکی امکان ایجاد موتاسیون وجود دارد معمولا برای تکثیر از این روش ها استفاده نمی شود و بهتر است از ریز نمونه های نوک شاخه و یا جوانه ریزوم که امکان حفظ خصوصیات ژنتیکی را دارند استفاده شود. مواد و روش ها: جهت تکثیر مستقیم، از ریزنمونه ساقه ی برش خورده گیاه بالغ زنجبیل، برگ ها، طوقه و قطعات برش خورده جوانه ریزوم زنجبیل در محیط کشت پایه ی MS با 9 نوع ترکیب هورمونی مختلف استفاده شد که در آن ها از هورمون های BAP و NAA به تنهایی و یا در ترکیب با هم در غلظت های مختلف به منظور شاخه زایی استفاده گردید. ریز نمونه ها پس از شاخه زایی به محیط کشت MS حاوی یک میلی گرم بر لیتر NAA و IBA جهت ریشه زایی منتقل شدند. گیاهچه های بدست آمده در گلدان کاشته شده و به تدریج با محیط بیرونی سازگار شدند.نتایج: بهترین ریز نمونه برای تکثیر سریع و آسان زنجبیل جوانه سالم ریزوم این گیاه بود. بهترین تیمار برای شاخه زایی، 2 میلی گرم بر لیتر از هورمون BAP و یک میلی گرم بر لیتر از هورمون NAA در محیط کشت MS بود که 7 شاخه در ریزوم جوانه تولید نمود. بهترین تیمار برای ریشه زایی، در محیط کشت MS حاوی یک میلی گرم بر لیتر از هورمون NAA بود که 7 عدد ریشه را در شاخه تولید نمود. در ادامه، گیاهچه های کشت بافتی در گلدان حاوی خاک باغچه و کوکوپیت به نسبت 1:1 با موفقیت با محیط گلخانه سازگاری یافتند.نتیجه گیری: نتایج پژوهش حاضر نشان داد، ریزازدیادی گیاه زنجبیل تحت تاثیر نوع تنظیم کننده های رشد و غلظت آن ها در محیط کشت MS قرار می گیرد و ریزنمونه جوانه ریزوم برای تکثیر مستقیم دارای نتایج مطلوبی می باشد.

هدف: ویروس Y سیب زمینی یکی از مهم ترین عوامل خسارت زا و محدودکننده کشت سیب زمینی می باشد. گیاهان با استفاده از مکانیسم های تحمل یا مقاومت به تنش، از طریق تنظیم بیان ژن ها در سطوح مختلف رونویسی، پس از رونویسی و ترجمه، با شرایط آسیب رسان مقابله می کنند. بنابراین عوامل تنظیمی، در کنترل بیان ژن ها تحت انواع تنش ها نقش بسیار مهمی دارند. یکی از مهم ترین عناصر تنظیم کننده ژن ها RNAهای بلند غیرکدکننده می باشند. پژوهش حاضر با هدف شناسایی lncRNAها و بررسی تغییرات بیان آن ها در گیاهچه های سیب زمینی آلوده به PVY انجام شد.مواد و روش ها: در این پژوهش از نرم افزار CLC Genomic Workbench به منظور تجزیه و تحلیل داده ها استفاده شد. پس از شناسایی lncRNAها، ژن های تحت تاثیر آن ها نیز مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. سپس تجزیه و تحلیل هستی-شناسی ژن و مسیرهای KEGG با استفاده از String analysis انجام شد و در نهایت برهمکنش بین lncRNAهای شناسایی شده و miRNAهای سیب زمینی مورد بررسی قرار گرفت.نتایج: طبق نتایج به دست آمده در مجموع 3742 توالی به عنوان lncRNA در ترنسکریپتوم سیب زمینی آلوده به ویروس PVY شناسایی شد که از بین آن ها 769 عدد دارای بیان افتراقی بودند. به طوری که 310 lncRNA در شرایط آلودگی سیب-زمینی به PVY کاهش بیان و 459 عدد افزایش بیان نشان دادند. بررسی هستی شناسی ژن های هم بیان با lncRNAهای شناسایی شده نشان دهنده نقش حیاتی این ژن ها در فرآیندهای زیستی مختلف، بیوسنتز ترکیبات سلولی، تشکیل کمپلکس های پروتئینی و انتقال سیگنال ها می باشد. همچنین ژن های دخیل در فرآیندهای بیولوژیکی مرتبط با ایجاد پاسخ های دفاعی در برابر تنش، ایجاد واکنش فوق حساسیت، متابولیسم ترهالوز، پاسخ های ضدویروسی مرتبط با خاموشی RNA و مسیرهای پیام دهی به منظور القای مقاومت سیستمیک، با lncRNAهای شناسایی شده در تحقیق حاضر هم بیان بودند. نتایج بررسی شبکه هم بیانی lncRNAها با miRNAها نشان دهنده برهمکنش 56 lncRNA با 5 miRNA بود. بیشترین برهمکنش بین lncRNAها با stumiR6024-3p مشاهده شد.نتیجه گیری: با توجه به برهمکنش بین lncRNAهای بررسی شده با ژن های دخیل در ایجاد پاسخ های دفاعی در برابر تنش، استنباط می شود که تغییرات بیان این lncRNAها بخش مهمی از مکانیسم پاسخ به بیماری ویروسی باشد. نتایج حاصل می-تواند گامی در جهت درک بهتر lncRNAها و عملکرد آن ها در توسعه ارقام متحمل و مقاوم به PVY باشد.

چکیدههدف: یکی از مخرب ترین بیماری های درختان میوه، بیماری شانکر اروپایی با عامل قارچ بیماری زای Neonectria ditissima، در کشورهای تولید کننده سیب با هوای خنک می باشد. از آنجایی که کنترل این بیماری به دلیل حضور قارچ بیماری زا در طول کل سال دشوار است، این تحقیق به منظور بررسی الگوی بیان ژن های پاسخ دهنده به این عامل بیماری زا در سیب انجام شد که می تواند درک بهتر از تعامل بین میزبان و پاتوژن در جهت بهبود استراتژی های مدیریتی فراهم کند.مواد و روش ها: بدین منظور رقم نیمه مقاوم سیب ("جاناتان"، منشا نیویورک) با سوسپانسیون قارچ تلقیح داده شد و نمونه های شاهد و تلقیح داده شده برای استخراج RNA و توالی یابی در سه نقطه زمانی 5، 15 و 30 روز پس از تلقیح برداشت شدند. پس از کنترل کیفی و کمی RNA کل استخراج شده، توالی یابی کل ژنوم به صورت دو سویه توسط شرکت ایلومینا و دستگاه توالی یاب Hiseq2000 انجام شد. کنترل کیفیت داده ها توسط نرم افزارFastQC صورت پذیرفت. سپس خوانش ها با استفاده از نرم افزارTopHat2 با ژنوم مرجع سیب نقشه یابی شدند. نرمال سازی و تجزیه و تحلیل ژن های با بیان متفاوت با نرم افزار DESeq2 و آنالیز غنی سازی مسیرهای DEGs با نرم افزار KEGG انجام شد.یافته ها: تجزیه و تحلیل های غنی سازی GO و KEGG در ژن های دارای بیان افتراقی (Differentially expressed genes, DEGs) ، تعدادی ژن مرتبط با پاسخ دفاعی را شناسایی نمود. در رقم سیب تلقیح شده با N. ditissima، تغییرات قابل توجهی در ژن های مرتبط با دفاع و ژن های دخیل در سم زدایی، پراکسیداز و متابولیسم فنیل پروپانوئید مشاهده شد. بالاترین سطح بیان ژن های مرتبط با دفاع، 30 روز پس از تلقیح با N. ditissima دیده شد. این موضوع می تواند بیانگر این باشد که پاتوژن برای ایجاد آلودگی نیاز به زمان دارد و به سرعت نمی تواند در بافت گیاه گسترش پیدا کند. نتیجه گیری: ژن های شناسایی شده درگیر در بیماری زایی N. ditissima دخیل در لیگنین شدن، سم زدایی، فسفوریلاسیون و دفاع پاتوژن بوده و منبعی ارزشمند در تحقیقات ژنتیکی هستند و به ما این امکان را می دهد تا تعامل پاتوژن با گیاه میزبان را بهتر درک کنیم و می توانند در برنامه های اصلاحی کنترل این بیماری مورد استفاده قرار گیرند.

هدف: این مطالعه با هدف بررسی اثر سطوح مختلف تنش خشکی بر صفات مورفولوژی و فیزیولوژی گیاه کلزا و بررسی بیان نسبی ژن های آنتی اکسیدانی به منظور شناسایی نحوه پاسخ آنتی اکسیدانی ژنوتیپ متحمل در سطوح مختلف تنش خشکی انجام شد.مواد و روش ها: آزمایش به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی نامتعادل در انتهای مرحله 5 برگی گیاه کلزا در 3 تکرار در سال 1401 در گلخانه دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان انجام شد. اثر سطوح مختلف تنش خشکی شامل سطوح بدون تنش (100 درصد)، تنش کم (75 درصد)، تنش متوسط (50 درصد)، تنش شدید (25 درصد) و تنش بسیار شدید (20 درصد ظرفیت زراعی) بر صفات مورفولوژی و فیزیولوژی در ژنوتیپ های پاییزه SLM046 و Licord کلزا انجام شد. همچنین بررسی میزان بیان نسبی ژن های مهم آنتی اکسیدانی فردوکسین NADP+ اکسیدوردوکتاز (FNR) و NADPH تیوردوکسن ردوکتاز (NTR) در ژنوتیپ متحمل با استفاده از Real-time PCR براساس روش لیواک انجام شد.نتایج: اثر متقابل تنش در ژنوتیپ برای صفات طول ریشه، وزن خشک اندام هوایی، وزن خشک ریشه، ضریب آلومتریک، وزن آب ریشه، کلروفیل a، کلروفیل b، کلروفیل کل، کاروتنویید و آنتوسیانین در سطح احتمال 1 درصد معنی دار بود. در سطح 20 درصد FCضریب آلومتریک و در تمامی سطوح تنش وزن خشک ریشه در ژنوتیپ SLM046 بیش تر از Licord بود. اعمال تنش خشکی در سطح 75 درصد FC سبب کاهش محتوای نسبی آب برگ در ژنوتیپ ها شد. همچنین اعمال تنش در سطح 20 درصد FC سبب کاهش سطح برگ و اعمال همه سطوح تنش سبب کاهش میزان آنتوسیانین در هر دو ژنوتیپ شد. اعمال تنش در سطح 20 درصد FC سبب افزایش میزان کلروفیل b و کلروفیل کل در ژنوتیپSLM046 شد. اعمال تنش خشکی در سطوح مختلف سبب کاهش کلروفیل a وb ، کلروفیل کل و کاروتنویید در ژنوتیپ Licord شد. نتایج نشان داد که در سطوح بالاتر تنش در ژنوتیپ SLM046 بیان ژن های FNR و NTR افزایش یافت. نتیجه گیری: به نظر می رسد که در شرایط تنش خشکی شدید و بسیار شدید ژنوتیپ SLM046 تحمل بیش تری نسبت به تنش خشکی دارد. احتمالا افزایش بیان FNR که تولید NADPH را به دنبال دارد، به وسیله افزایش بیان ژن NTR تعدیل می شود و از این طریق با تنظیم بیان ژن های درگیر در استرس اکسیداتیو می تواند سبب تحمل به تنش خشکی و بقای گیاه در ژنوتیپ متحمل شود.

هدف: ورم پستان یک بیماری عفونی در دوران خشکی و شیردهی گاو شیری است که اثرات مخرب شناخته شده ای بر سلامت حیوانات و سود اقتصادی دارد و هر ساله خسارت زیادی به صنعت لبنیات وارد می کند. هدف از این تحقیق شناسایی ژن های هاب و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با بیماری ورم پستان در گاو شیری با استفاده از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک است.مواد و روش ها: مجموع 21 نمونه داده ریزآرایه شامل 9 نمونه از بافت گاو سالم و 12 نمونه از بافت آلوده به E.coli از پایگاه داده GEO با شماره دسترسی GSE24217 استخراج و با استفاده از GEO2R مورد ارزیابی قرار گرفت. و سپس بر اساس دو معیار 05/0> adjP-value و1|LogFC| ≥ ژن های متفاوت بیان مشخص گردید. افزونه CytoHubba در نرم افزار Cytoscape و روش های تحلیل توپولوژیکی DMNC ,MCC ,MNC, DEGREE برای شناسایی ژن های هاب استفاده شد.. جهت شناسایی مسیرهای سیگنالدهی از ابزار STRING بر اساس شاخص 05/0> FDR استفاده شد.نتایج: در مجموع 631 ژن بیان متفاوت داشتند که از این بین تعداد 136 ژن در بافت پستان آلوده نسبت به سالم بیان پایین و 495 ژن بیان بالا داشتند. از این تعداد 205 ژن تشکیل شبکه هم بیانی دادند. 12 ژن هاب شاملCCL19 ، ALB، GAPDH، PTPRC، ICAM1، IL6، IL1B، IL18، CXCL8، CCL20، CXCL16، CCL3 شناسایی شد. نتایج تجزیه و تحلیل مسیرهای بیولوژیکی نشان داد که لیست ژنی مورد مطالعه در 66 مسیر بیولوژیکی نقش دارند کهNOD-like receptor signaling pathway، TNF signaling pathway، IL-17 signaling pathway نقش عملکردی مهمی در بیماری ورم پستان گاو شیری دارند.نتیجه گیری: ژن ها و مسیرهای پیشنهاد شده ممکن است منجر به درک بیشتری از مکانیسم های مولکولی موثردر بیماری ورم پستان شود و می توان در برنامه اصلاحی پیشگیری و تشخیص زودرس ورم پستان و اهداف درمانی این عفونت در نظر گرفت. پیش بینی می شود که این نتایج ممکن است نشانگرهای زیستی دقیق تر و عملاً قابل اعتمادتری را برای تشخیص زودهنگام و پیشگیری و درمان فردی ورم پستان E. coli گاوی ارائه دهند.

هدف: تولید داده در زیست شناسی و زیست فناوری در سال های گذشته به دلیل توسعه بسیار سریع فناوری های با کارایی بالا بسیار زیاد شده است. این داده ها با مطالعه مولکول های زیستی، از قبیل متابولیت ها، پروتئین ها، RNA و DNA برای درک و فهم نقش این مولکول ها در تعیین ساختار، عملکرد و دینامیک سیستم های زنده حاصل شده اند. علاوه بر این، در یک برنامه اصلاح نژادی، پیشرفت ژنتیکی را می توان از طریق شناسایی دقیق حیوانات برتر که به عنوان والدین نسل بعدی انتخاب می شوند، به حداکثر رساند و در نتیجه به اهداف اصلاح نژادی دست یافت. شبکه های عصبی مصنوعی برای کاهش این محدودیت روش های رگرسیون سنتی پیشنهاد شده اند و می توانند برای مدیریت داده های غیرخطی و پیچیده، حتی زمانی که داده ها نادقیق و نویز هستند، استفاده شوند. داده های اومیکس می توانند به قدری بیش از حد بزرگ و پیچیده باشند که از طریق تجزیه و تحلیل بصری یا همبستگی های آماری قابل بررسی نیستند. این امر استفاده از هوش ماشینی یا هوش مصنوعی را تشویق کرده است. اهداف این مطالعه عبارتند از بررسی کاربردهای اصلی روش های هوش مصنوعی در ژنومیکس عملکردی، سرطان، کشاورزی، حیوانات اهلی و زمینه های درهم تنیده آن یعنی اپی ژنومیکس، ترانس کریپتومیکس، اپی ترانس کریپتومیکس، پروتئومیکس و متابولومیکس، بحث در مورد جنبه های مهم مدیریت داده ها، مانند یکپارچه سازی داده ها، جانهی، تمیز کردن، حذف نویز، متعادل سازی و نسبت داده های از دست رفته، مدل سازی سیستم-ژنومیکس عملکردی، هوش مصنوعی و سیستم های بیولوژی، پرداختن به مسائل حقوقی، اخلاقی و اقتصادی مربوط به کاربرد روش های هوش مصنوعی در حوزه ژنومیکس و ارائه نمایی از سناریوهای احتمالی آینده است.مواد و روش ها: در این بررسی سعی شد کلیه پژوهش های انجام شده در زمینه کاربرد هوش مصنوعی در ژنومیکس عملکردی، سرطان، کشاورزی، حیوانات اهلی و زمینه های درهم تنیده آن یعنی اپی ژنومیکس، ترانس کریپتومیکس، اپی ترانس کریپتومیکس، پروتئومیکس و متابولومیکس، با تمرکز بر روی کاربردهای سال های اخیر پس از افزایش تولید کلان داده مطالعه و مورد استفاده قرار گیرند.نتایج: بررسی ها نشان داد که کاربرد هوش مصنوعی در همه رشته ها از چمله ژنومیکس عملکردی، سرطان، کشاورزی، حیوانات اهلی و زمینه های درهم تنیده آن یعنی اپی ژنومیکس، ترانس کریپتومیکس، اپی ترانس کریپتومیکس، پروتئومیکس و متابولومیکس با سرعت زیادی رو به افزایش است و فواید زیادی دارد. نتیجه گیری: با توجه به کاربردهای حیاتی که اغلب توسط زیست شناسی و به ویژه ژنومیک عملکردی به آن پرداخته می شود، بهتر است با ابزارهای هوش مصنوعی که قادر به کمک به درک مکانیکی فرآیندهای بیولوژیکی هستند، سروکار داشته باشیم.

هدف: ین مطالعه به بررسی تعداد موارد عفونت Cryptosporidium spp. در پرندگان اهلی در استان دیوانیه و همچنین پیامدهای این بیماری و روش های تشخیص آن پرداخت.مواد و روش ها: در این مطالعه، 205 نمونه از گونه های مختلف پرنده بدون در نظر گرفتن جنسیت مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. برخی از روش های مورد استفاده برای تشخیص، روش رنگ آمیزی اسید فست و تکنیک نستد PCR بود. ثابت شد که نستد PCR بهتر از رنگ آمیزی اسید فست AFS است. زیرا می تواند کریپتوسپوریدیوم را سریعتر، با بالاترین دقت و حساسیت شناسایی کند.نتایج: نتایج نشان داد که 90 نمونه از کل نمونه ها دارای عفونت کریپتوسپوریدیوم بودند. در بین گونه های پرنده مورد مطالعه، falseco eleonorae  با 16% کمترین بروز کریپتوسپوریدیوزیس را داشت، در حالی که گالوس گالوس داخلی با 3/53 درصد بیشترین بروز را داشت. از 60 نمونه گرفته شده برای هر گونه، 3/48 درصد از گونه Meleagris gallopova و 6/41 درصد از گونه Anas platyrhynchos آلوده بودند. بررسی میکروسکوپی میزان عفونت 9/43 درصد (90 نمونه از 205 نمونه) را در مقایسه با روش دیگر نشان داد. برای استفاده از Nested-PCR برای شناسایی مولکولی، DNA باید از نمونه های آلوده مثبت با استفاده از روش پروتئیناز K استخراج شود. این کار باندهای مثبتی را تولید کرد که معمولاً در محدوده 587 جفت بازی تکثیر می شدند. تست Nested-PCR نشان داد که 5/47 درصد نمونه ها (19 از 40 نمونه) آلوده بودند.نتیجه گیری: در نهایت، این مطالعه با نشان دادن شیوع بسیار بالای عفونت کریپتوسپوریدیوم در پرندگان اهلی در استان دیوانیه، نیاز حیاتی به ابزارهای تشخیصی کارآمد و طرح های مداخله ای را برجسته کرد. به منظور جلوگیری از گسترش کریپتوسپوریدیوزیس در پرندگان، نتایج بر استفاده از روش های واکنش زنجیره ای پلیمراز نستد (nested-PCR) برای تشخیص عفونت تاکید دارد.

هدف: فاسیولوزیس یک بیماری انگلی است که توسط فلوک های کبدی Fasciola hepatica و Fasciola gigantica ایجاد می شود. این انگل ها در درجه اول بر نشخوارکنندگان مانند گاو و گوسفند تأثیر می گذارند، اما می توانند انسان را نیز آلوده کنند و آن را به یک بیماری مشترک بین انسان و دام تبدیل کنند. این بیماری معمولاً از طریق بلع آب یا پوشش گیاهی آلوده به مراحل لاروی انگل منتقل می شود. فاسیولوزیس چالش های اقتصادی و بهداشتی قابل توجهی را ایجاد می کند، به ویژه در مناطقی که دامداری رایج است. مواد و روش ها: در مطالعه ای که اخیراً در ناصریه عراق انجام شد، 30 نمونه Fasciola gigantica از گاوها و گاومیش های آلوده در کشتارگاه مرکزی جدا شد. هدف اولیه شناسایی و مشخص کردن سویه های رایج F. gigantica موجود در این حیوانات با استفاده از فناوری واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) بود. محققان با تمرکز بر توالی های ژن، به ویژه ژن سیتوکروم C اکسیداز زیرواحد 1 (COX1)، به دنبال مقایسه این سویه ها با آنهایی بودند که در پایگاه داده NCBI-BLAST از طریق تجزیه و تحلیل درخت فیلوژنتیکی ثبت شده اند. نتایج: DNA  استخراج شده ز نمونه های F. gigantica با تکنیک PCR با موفقیت تکثیر شد و امکان تجزیه و تحلیل ژنتیکی بیشتر را فراهم کرد. نتایج این مطالعه روابط ژنتیکی بین جدایه های عراقی و سایر مناطق را برجسته کرد. به عنوان مثال، یکی از جدایه ها، با نام F. gigantica شماره 1 با شماره توالی OQ152484، تطابق 100% با ایزوله ایرانی (OP903335) ثبت شده در بانک ژن NCBI-BLAST را نشان داد. ایزوله دیگر با شماره OQ152485 مشابه سویه ترکیه ای بود. علاوه بر این، جدایه های 3 و 4 (OQ152486 و OQ152487) با جدایه های ایرانی OQ070200 و OP903336 ارتباط نزدیکی داشتند که شباهت 99.41% و 99.71% را نشان دادند. در نهایت، ایزوله شماره 5 (OQ152488) 41/99 درصد با یک ایزوله هندی (KU363230)  ثبت شده در پایگاه داده یکسان بود. نتیجه گیری: این یافته ها بر تنوع ژنتیکی و توزیع جغرافیایی بالقوه سویه های F. gigantica تاکید می کند و بر اهمیت نظارت مستمر و تعیین خصوصیات ژنتیکی برای درک بهتر اپیدمیولوژی فاسیولوزیس و اطلاع رسانی استراتژی های کنترل تاکید می کند.