پژوهش های سلولی و مولکولی
سال:1403 | دوره:37 | شماره:2 |تعداد مقالات:7

پروتئین های شوک حرارتی (HSPs) نقش مهمی در پاسخ به تنش های محیطی مختلف دارند. در این مطالعه، ویژگی های ژنومی و پروتئومی دو نوع HSP (HSP90-a و HSP90-b) در بز نژاد تالی(Tali goat breed) بعلاوه 7 گونه حیوان اهلی شامل گاو(B. taurus) ، گاومیش (B. bubalis)، گاو زبو (B. indicus)، بز(C. hircus)،گوسفند (O. aries) ، شتر تک کوهانه (C. dromedarius)، شتر دوکوهانه (C. bactrianus)با استفاده از ابزارهای مدلسازی و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک، هم ترازی توالی چندگانه وسوییس مدل مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. با استفاده از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی جایگاه دو ژن برای گونه های موردیررسی تعیین گردید و مشخص شد جایگاه آنها در ژنوم شتر دوکوهانه تعیین نگردیده است. تعداد اگزون ها برای HSP90-a و HSP90-b در تمام گونه های موردبررسی بجز دو گونه شتر مشابه بود. مقایسه جهش های اتفاق افتاده در نژاد تالی بز با بز رفرنس نشان داد که هیچ کدام از جهش های بروزیافته منجر به تغییر اسیدآمینه نشده است. تجزیه و تحلیل Expasy نشان داد که HSP90-a و HSP90-b به ترتیب 733 و 724 اسید آمینه را برای همه گونه ها، بجز شتر دوکوهانه (649 اسیدآمینه برای توالی HSP90-a) کد می کنند. داده ها نشان داد که پروتئینHSP90-a در گاومیش و شتر تک کوهانه دارای یک اسیدآمینه متغیر و در شتر دوکوهانه دارای شش اسید آمینه متغیر است، در حالی که پروتئینHSP90-b تنها شتر تک کوهانه و دوکوهانه دارای دو اسیدآمینه متغیر می باشند. مطالعه حاضر می تواند در انتخاب ژن های هدف برای سازگاری مولکولی دام کمک کننده باشد.

گیاه گز با 13 گونه بومی ایران از تیره Tamaricaceae بوده و از گیاهان زینتی فضای سبز نیز محسوب می شود. گزها به دلیل مقاومت به شرایط سخت آب و هوایی و سازگاری با شوری بالا، مورد توجه قرار گرفته است. مطالعه تنوع ژنتیکی و صفات ژنوتیپ های گوناگون در نقاط مختلف جغرافیایی، اطلاعات مفید و ضروری برای به گزینی و اصلاح ارقام مورد نظر برای توسعه کشت و کار بهینه فراهم می نماید. از این رو، این تحقیق به منظور بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های گز بومی اردبیل انجام گرفت. در تحقیق حاضر، برگ های جوان نه جمعیت از این گونه از نمونه های تازه رویشگاه های طبیعی اردبیل جمع آوری و ساختار ژنتیکی آن ها با استفاده از 13 نشانگر ISSR و 5 نشانگر SCOT مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بدست آمده نشان داد، کل باندهای ایجاد شده توسط نشانگر ISSR تعداد 96 باند بود که بیش ترین آنها توسط آغازگر UBC810،UBC826 و UBC855 تکثیر شد. میانگین اطلاعات چندشکلی 30/34 درصد بود که بیش ترین چندشکلی مربوط به UBC814، UBC855 و UBC826 به میزان100% بود. ژنوتیپ ها در دندروگرام به چهار گروه تقسیم بندی شد. همچنین با استفاده از SCOT در مجموع 32 باند تکثیر شد. بیش ترین و کم ترین تعداد باند به ترتیب از SCoT4 و SCoT1 به دست آمد. نتایج این پژوهش نشان داده که نشانگر ISSR در تفکیک ژنوتیپ ها از یکدیگر براساس منطقه جغرافیایی موفق بود. همچنین هر دو آغازگز در تعیین میزان تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوندی نمونه های جمعیتی مورد مطالعه گز از کارآیی بالایی برخوردار بودند.

لاکاز ها پلی فنل اکسیداز های حاوی مس، دارای کاربردهای متنوعی در بیوتکنولوژی و صنایع مختلف، به ویژه صنایع با غلظت بالای نمک نظیر صنایع پالپ و خمیر، دباغی ها و صنایع نساجی هستند. در این پژوهش برای جداسازی باکتری های تولید کننده لاکاز از رسوبات ساحل دریاچه شور ارومیه، محیط های کشت باکتریایی مایع و جامد حاوی سولفات مس (3mM) و گایاکول (0.01% w/v) استفاده شدند. باکتری های ایجاد کننده کلنی قهوه ای مایل به قرمز روی محیط کشت حاوی گایاکول، به عنوان سویه های باکتریایی تولید کننده لاکاز مورد بررسی بیشتر قرار گرفتند. فعالیت آنزیم لاکاز داخل سلولی و خارج سلولی به وسیله اسپکتروفتومتر و در طول موج nm 420 و با استفاده از ABTS (2,2-azino-di-[3-ethylbenzo-thiazolin-sulphonate]) به عنوان سوبسترا مورد ارزیابی قرار گرفت. در این مطالعه از چهار سویه باکتر یایی جدا شده از رسوبات دریاچه ارومیه با استفاده از محیط کشت حاوی گایاکول، تنها یک سویه با فعالیت لاکازی قابل توجه به صورت خارج سلولی تشخیص داده شد. مطالعه میکروسکوپی و تجزیه و تحلیل توالی ژن 16S rRNA نشان داد که این سویه گرم مثبت، میله ای شکل و متعلق به جنس بروی باکتریوم است و Brevibacterium sp. strain LUBr01 نام گذاری شد. توالی 16S rRNA Brevibacterium sp. strain LUBr01 با شماره MN588176.1 در GenBank قابل دسترسی است. با توجه به فعالیت لاکازی مناسب، بروی باکتریوم جدا شده در این مطالعه جهت استفاده در صنایع مرتبط با آنزیم لاکاز می تواند مفید واقع شود. همچنین دریاچه شور ارومیه دارای پتانسیل بالقوه بالا جهت جداسازی میکروارگانیسم هایی با توانایی تولید آنزیم های خاص نظیر لاکاز با قابلیت استفاده در شرایط شوری است.

اسینتوباکتر بومانی، کوکوباسیل گرم منفی غیرتخمیری است که مقاومت باالیی به ترکیبات ضد میکروبی نشان می دهد. تشکیل بیوفیلم یکی از ویژگی های مهم بسیاری از گونه های اسینتوباکتر است که منجر به مقاومت باال به آنتی بیوتیک ها می شود. مطالعه حاضر با هدف گیری پروتئین چاپرون بیوژنز فیمبریال Csu از باکتری اسینتوباکتر بومانی مقاوم به کارباپنم جهت ساخت سازواره ژنی انجام شد در این مطالعه تجربی، ژن کد کننده ی پروتئین چاپرون بیوژنز فیمبریال Csu از باکتری اسینتوباکتر بومانی مقاوم به کارباپنم به روش PCR تکثیر شد. ژن مذکور به ترتیب در ناقل های T و pcDNA3. 1 کلرن سازی و ساب کلون گردید. تایید صحت کلونینگ ژن با سه روش PCR، آنزیم های برش دهنده و تعیین توالی مورد ارزیابی قرار گرفت. سپس، مقدار 100 میکرولیتر از غلظت 100ng/ml از ناقل نوترکیب نهاییpcDNA3. 1-csuC به عضله 4 سر ران موش BALB/c تزریق گردید و بیان ژن هدف در عضله 4 سر ران موش با روش RT-PCR بررسی شد و نتایج اختلاف بیان در سطوح معناداری P<0. 05، P<0. 01 و P<0. 001 گزارش شد. مشاهده باند 831 جفت بازی پس از انجام RT-PCR، در عضله 4 سر ران موش در گروهpcDNA3. 1-csuC نسبت به گروه شاهد (PBS)، موید بیان ژن csuC در عضله 4 سر ران موش می باشد. در گروه هدف میزان بیان ژن هدف پس از 2 روز افزایش بیان قابل توجهی را نشان داد. این افزایش بیان تا روز 30 پس از تزریق به بالاترین سطح خود رسید و اختلاف بیان در سطح P<0. 001 معنادار بود. افزایش بیان ژن 40 روز پس از تزریق به سطح معناداری P<0. 01 کاهش یافت. این کاهش میزان بیان تا روز 60 پس از تزریق ادامه داشت (P<0. 001). سازواره نوترکیبpcDNA3. 1-csuC ساخته شده در این تحقیق توان بیان ژن csuC اسینتوباکتر بومانی را در عضله 4 سر ران موش دارد. همچنین، سازوارهpcDNA3. 1-csuC از پتانسیل لازم برای بررسی به عنوان واکسن ژنی در تحقیقات آینده برخوردار است.

چکیده: نارسایی در بیوسنتز کلاژن از دلایل عدم التیام زخم در بیماران دیابتی است. افزایش قند خون مانع تکثیر سلولی و تولید کلاژن در زخم ها می شود و ممکن است منجر به قطع عضو گردد. امروزه استفاده از گیاهان دارویی، به منظور ترمیم انواع زخم ها از جمله زخم دیابتی، بسیار مورد توجه قرار گرفته است. هدف این پروژه، بررسی اثر عصاره های هیدروالکلی گیاهان غازیاقی، گل ماهور و خارمریم در بهبود زخم های دیابتی و سنتز کلاژن است. در این مطالعه، از50 سر موش سوری نر(10 سر غیردیابتی و 40 سر دیابتی شده با داروی استرپتوزوتوسین)، استفاده شد. پس از بیهوشی و ایجاد زخم در پشت موش ها، زخم های دو گروه شم و کنترل با اوسرین و سه گروه تجربی با عصاره های هیدروالکلی غازیاقی، گل ماهور و خارمریم به مدت 5 روز تیمار شدند. در گروه های تجربی زخم های سمت چپ و راست به ترتیب با عصاره های 25 و 50 درصد بر پایه اوسرین تیمار شدند. از زخم موش ها عکس برداری ماکروسکوپی صورت گرفت. برای اندازه گیری سطح زخم از نرم افزار ImageJ استفاده شد و درصد بهبود زخم محاسبه گردید. به منظور اندازه گیری سطح هیدروکسی پرولین برای تشخیص کلاژن، از روش رنگ سنجی وتست الایزا استفاده شد. نتایج توسط نرم افزار آماری SPSS آنالیز شد. برطبق نتایج بسته شدن زخم (درصد بهبودی)، در گروه های تحت تیمار با دوز پایین عصاره غازیاقی وگل ماهور(25%) و دوز بالای عصاره خار مریم(50%) نسبت به گروه کنترل افزایش معنی داری داشته است. اگرچه میزان کلاژن درگروه های تیمار نسبت به کنترل افزایش یافت اما تفاوت آن معنا دار نبود.

مقدمه: سرطان پستان از نوع سه گانه – منفی نوعی سرطان شایع در جهان است که در بافت پستان رشد میکند. این بیماری تبدیل به بزرگترین مشکل سلامتی انسان در سراسر جهان شده است. بنابراین شناسایی ژن های کلیدی درگیر در این بیماری می در تشخیص، پیشآگهی و درمان مفید باشد. هدف تحقیق حاضر شناسایی ژن های با اختلاف بیان معنادار موثر بر سرطان پستان سه گانه منفی است که با استفاده از آنالیز داده های ترانسکریپتومی توالی یابیRNA مبتلایان به سرطان پستان در مقایسه با افراد سالم انجام گرفت.روش کار: دادههای ترانسکریپتوم تعیین توالی شده با دستگاه Illumina مربوط به سه فرد مبتلا به سرطان پستان از نوع سه گانه- منفی و چهار فرد سالم از پایگاه داده NCBI و SRA جمعآوری شده و پس از کنترل کیفیت خوانشها با استفاده از نرم افزار FastQC، همترازی توالیها با ژنوم مرجع با نرمافزار STAR انجام شد. در نهایت، جهت بررسی بیان افتراقی ژنها، از نرم افزارهای featureCounts و DESeq2 استفاده شد و ژن های با اختلاف بیان معنادار به کمک نمودار Volcano نمایه گردید. نتایج: در این تحقیق، 31 ژن دارای بیان افتراقی با سطح معنی داری p

صرع یک اختلال نورولوژیک مزمن است که درمان مؤثری ندارد و بسیاری از مبتلایان به داروهای موجود پاسخ نمی دهند. یکی از مهمترین دلایل آن، مشخص نبودن مکانیسم مولکولی صرع زایی و عدم شناخت کامل پروتئین های درگیر در آن است. بنابراین شناسایی روند صرع زایی با هدف توقف یا کنترل این مسیر، می تواند به درمان دارویی مناسب و اثر بخش بینجامد. در این مطالعه، آنالیز پروتئوم موش های صحرایی در روند صرع زایی با روش کیندلینگ الکتریکی و با استفاده از تکنیک شاتگان پروتئومیکس انجام گرفت. بر اساس نتایج به دست آمده از آنالیز داده های سیستم بیولوژی مشخص شد که مسیر پیام رسانی cAMP به عنوان یک مسیر کلیدی در صرع-زایی ایفای نقش می کند و تغییر در بیان پروتئین های بالادست و پایین دست این پیامبر ثانویه در مراحل مختلف کیندلینگ الکتریکی مشاهده شد. در بین آنها کاهش بیان نورو پپتید سوماتواستاتین از پروتئین های بالادستی و افزایش بیان فسفولیپازD2 و گیرنده گلوتامات AMPA نوع 2 از پروتئین های پایین دستی در طی صرع زایی قابل توجه بود. این داده ها اطلاعات ارزشمندی از تغییرات بیان پروتئینهای مسیر پیام رسانی cAMP و نقش کلیدی آنها در روند صرع زایی ارائه می دهد و راه جدیدی در شناسایی مکانیسم درگیر در صرع زایی و معرفی اهداف جدید دارویی به ما نشان می دهد.