طاعون نشخوارکنندگان کوچک (PPR) بیماری ویروسی بسیار واگیر، شدید و کشنده نشخوارکنندگان کوچک است. چهار دودمان (Lineage) ویروس PPR بر اساس تحلیل توالی ژن نوکلئوپروتئین (N) و فیوژن (F) شناخته شده است. هدف از این مطالعه، بررسی تعیین هویت مولکولی و آنالیز فیلوژنتیکی ویروس طاعون نشخوارکنندگان کوچک در رخدادهای PPR سال های 95 و 97 در استان قم بوده است. 10 نمونه ی بافتی (غدد لنفاوی مزانتر) پس از کالبدگشایی از حیوانات مشکوک بالینی جمع آوری شد و وجود ویروس PPR با روش RT-PCR یک مرحله ای مورد بررسی قرار گرفت. بررسی توالی قطعه ای از ژن نوکلئوپروتئین (N) و آنالیز فیلوژنتیکی نمونه هایی که در RT-PCR مثبت بودند جهت تعیین دودمان جدایه ها انجام گرفت. از 10 نمونه بالینی مورد بررسی، 40 درصد آن ها بر اساس بررسی اسید نوکلئیک ویروس با روش RT-PCR مثبت بودند. آنالیز توالی نوکلئوتیدی و تجزیه فیلوژنتیکی جدایه ها نشان داد که جدایه های به دست آمده در رده ی آسیایی (دودمان IV) ویروس PPR قرار دارد. نتایج فیلوژنتیک این مطالعه، حضور ویروس PPR دودمان IV را در میان دام های مبتلا به طاعون نشخوارکنندگان کوچک استان قم، تأیید می کند. بنابراین این مطالعه نشان می دهد که جدایه های PPRV ایران به دودمان چهارم مربوط می شوند و با جدایه های PRPV پاکستان، تاجیکستان و هند ارتباط نزدیک دارند. توصیه می شود به منظور ترسیم دقیق تری از وضعیت حضور و چرخش دودمان یا دودمان های ویروس PPR در ایران، مطالعات بیش تری از دیگر مناطق کشور به خصوص نواحی مرزی انجام گیرد.