اثبات همه ی اجزای رکن مادی تجاوز جنسی، مستلزم ارایه ی ادله ی اثبات می باشد، بنابراین در این پژوهش، چالش های موجود در شیوه ی ساماندهی ادله ی اثبات، با استفاده از تجربه های قضایی، مورد بررسی قرار گرفت. بررسی ها نشان می دهد دو دلیل شهادت شهود و اقرار، از دلایل ناکارآمد در اثبات دعوی تجاوز جنسی به شمار می روند؛ زیرا قیود فراوانی بر این دو دلیل، از سوی قانونگذار مقرر شده که بر توان اثباتی آن ها تاثیر گذاشته است. لذا این پژوهش، وضعیت اقرارهای ناقص و انکار شده و اقرار نزد سایر کنشگران غیرقاضی محکمه و پیچیدگی های حاکم بر شهادت شهود از جمله مشاهده ای بودن شهادت و امکان عدول از شهادت در دعوی تجاوز جنسی مورد بررسی قرار گرفته است، اما علم قاضی به لحاظ گستردگی قراین علم آور، از مهمترین دلایل به شمار می رود که مصادیقی از این قراین با استفاده از تجربه های قضایی استخراج شده است هرچند بررسی رویه ی قضایی نشان می دهد که شبهه بر تمام ارکان مادی جرم تجاوز جنسی، سایه افکنده و یکی از دلایل عمده ی نقض رای در دیوان عالی کشور است که به لحاظ گستردگی استناد به شبهه، حقوق بزه دیدگان به شدت در معرض تهدید قرار گرفته است.