نظام نوآوری متشکل از مجموعه ای از بازیگران و نهادهایی است که برای تحقق کارکردهایی مشخص فعالیت می کنند. ساختارها و کارکردها دارای اثر متقابل بر یکدیگر هستند و در یک تحلیل نظام مند و جامع از نظام نوآوری نمی توان این دو را به صورت مجزا مورد بررسی قرار داد. ساختارهای مناسب، کارکردها را شکل می دهند و کارکردها نیز می توانند به تدریج شکل دهنده ساختارها در نظام نوآوری باشند. علاوه بر این نظام نوآوری همواره با مجموعه ای از چالش ها و شکست های محتمل روبروست. این شکست ها می توانند در سه دسته کلی شکست ساختاری، شکست بازار و شکست گذار تقسیم بندی شوند. در این مقاله، سعی شده تا تحلیلی جامع و نظام مند از نظام نوآوری در بخش گیاهان دارویی و معطر کشور ایران با استفاده از این چارچوب مفهومی سه سطحی ارائه شود. روش مورد استفاده در این پژوهش موردکاوی است که برای جمع آوری داده ها از طیف متنوعی از روش ها مانند مصاحبه، مشاهده میدانی، مشاهده مشارکتی و اسناد بالادستی استفاده شده است. نتایج بیانگر آن است که این بخش با شکست های سیستمی متعددی روبروست که امکان تحقق کارکردهای مطلوب و موردنظر نظام نوآوری را از آن سلب کرده است. در پایان برخی رهنمودهای سیاستی برای رفع این مساله، معرفی شده اند.