مقدمه: بخش های مختلف هر سازمان، به منظور اثربخشی و کارآیی، نیازمند کنترل های اقتضایی مرتبط به خود است. از جمله این کنترل ها استفاده از نظام اطلاعاتی حسابداری است که می تواند در تعامل حرفه ای حسابداران با مدیران در فرایند تصمیم گیری مدیران موثر واقع شود. بنابراین، شناخت متقابل کارکردها و انتظارهای کارکنان حسابداری و مدیران سطوح مختلف از یکدیگر در راستای تحقق هدف های سازمان مفید بوده و ارزش افزوده ایجاد می کند. روش پژوهش: پژوهش حاضر از نظر هدف، کاربردی و از نظر نوع، توصیفی-پیمایشی است. جامعه آماری پژوهش شامل رئیس دانشگاه، معاونان دانشگاه، مدیر مالی، معاونان مدیر مالی، روسای واحدهای تابعه و کارشناسان مسئول مالی در ادارات و واحدهای دانشگاه علوم پزشکی مشهد به تعداد 133 نفر است. در این پژوهش عوامل پیش زمینه ای موثر بر اساس پژوهش های پیشین، شناسایی و با استفاده از نظر گروه خبرگان به تعداد 62 عامل در قالب 8 شاخص انتخاب شد. سپس، ابزار پرسش نامه برای مقایسه زوجی شاخص ها به روش تحلیل سسله مراتبی طراحی و اجرا شد. یافته ها: از نظر آزمودنی ها شاخص های «کیفیت اطلاعات و گزارش ها» و «بهبود مستمر اطلاعات و گزارش ها» نسبت به سایر شاخص ها اهمیت بیشتری دارد و شاخص های «کفایت نظام اطلاعاتی حسابداری در برآورده کردن نیازهای اطلاعاتی مدیران» و «آگاهی مدیران از نقش و قابلیت های نظام اطلاعاتی حسابداری» نسبت به سایر شاخص ها اهمیت کم تری دارد. نتیجه گیری: شاخص های «کیفیت اطلاعات و گزارش ها» و «بهبود مستمر اطلاعات و گزارش ها» نقاط قوت نظام اطلاعاتی حسابداری دانشگاه است که نیازمند نظارت مستمر بر تهیه اطلاعات و گزارش ها بوده و به دلیل ماهیت فعالیت های پزشکی با پیچیدگی قابل توجه همراه است. هم چنین، شاخص های «کفایت نظام اطلاعاتی حسابداری در برآورده کردن نیازهای اطلاعاتی مدیران» و «آگاهی مدیران از نقش و قابلیت های نظام اطلاعاتی حسابداری» از جمله نقاط ضعف آن است. بنابراین، ارزیابی و تقویت نظام اطلاعاتی حسابداری از طریق ایجاد کنترل های داخلی مربوط به منظور تامین نیازهای اطلاعاتی مدیران و به روزرسانی اطلاعات مدیران برای آگاهی بیشتر آنان در زمینه نظام اطلاعاتی حسابداری ضرورت دارد.