پاسخ ایمنی به مایکوباکتریوم تبرکولوزیس(Mtb)، به عوامل متعدد موجود در میزبان و پاتوژن و تقابل آنها وابسته است.
مشکلات موجود درایجاد مدلی شبیه به عفونت سل در انسان و تفاوتهای مدلهای تجربی(in vivo)در موش وانسان، شناخت دقیق راهکارهای دخیل در تقابل میزبان، پاتوژن را با سختی مواجه می سازد.
همچنین ایمنی شناسی انسانی نیز به علت وجود محدودیت هنوز قادر به بررسی دقیق راهکارهای موجود درعفونت سلی نیست.
برای مثال هنوز به درستی معلوم نیست که آیا میان پاسخ ایمنی در آلوئولها وفضای بینابینی تفاوت وجود دارد؟ و یا می توان از bal به عنوان نشانگر قابل اعتماد جمیعتهای سلولی و مقادیر کمی سیتوکینهای گرانولوم بافتی استفاده نمود؟