نخستین گام در راه مبارزه با پیشگیری و کنترل یک پدیده اجتماعی، شناسایی صحیح و کامل این پدیده است. طراحی نظام اطلاعات سوء مصرف مواد با هدف تبدیل داده ها به اطلاعات و دانش جهت پیشگیری و کنترل اعتیاد سهم بسزایی دارد، اما طراحی و اجرای آن دارای چالش ها و مشکلاتی است که پیامدهای نامناسب و ناگواری را برای سوء مصرف کنندگان مواد فراهم می آورد. لذا، این مقاله با هدف مطالعه چالش های اخلاق پزشکی در نظام اطلاعات سوء مصرف مواد تهیه و تدوین شده است.پژوهش حاضر یک مطالعه مروری است. اطلاعات مورد نیاز از طریق موتورهای جست و جوگرMedline ،Ovid ، Elsevier، Google، PubMed، مرکز اطلاعات و آمار نیروی انتظامی، وزارت بهداشت، ستاد مبارزه با مواد مخدر، سازمان بهزیستی و مرکز مطالعات ملی اعتیاد جمع آوری شده و مورد بهره برداری قرار گرفته است.نظام اطلاعات سوء مصرف مواد دارای چالش ها و مشکلات حقوقی و اخلاقی متعددی هستند که در صورت بروز این مشکلات، سوء مصرف کنندگان رغبتی به دریافت خدمات مشاوره ای و درمانی و انجام مطالعات اپیدمیولوژیکی از خود نشان نمی دهند.سازمان جهانی بهداشت چارچوب خاصی را برای پاسخگویی نظام اطلاعات سلامت در هشت حیطه از جمله رعایت شان و کرامت انسانی، رازداری و محرمانگی ارایه کرده است. طراحان و برنامه ریزان نظام اطلاعات سوء مصرف مواد قبل از طراحی باید قوانین و مقررات و دستورالعمل های لازم را به منظور شفاف سازی و تعیین وضعیت حقوقی، تضمین اصل محرمانگی و رازداری اطلاعات تهیه و تدوین نمایند.