آیزوزایم ها از نشانگرهای مهم و مفید برای مطالعه ساختار ژنتیک و بهنژادی برنج می باشند. میزان چندشکلی، یکی از ویژگی های مهم هر نشانگر می باشد که ارزش و اهمیت نسبی آن را بیان می نماید. از سوی دیگر، فراوانی های آللی نشان دهنده ساختار ژنتیک جوامع هستند. بنابراین، پژوهش حاضر به منظور بررسی ساختار ژنتیک و تعیین اهمیت نسبی مکان های ژنی آیزوزایم در برنج های ایرانی انجام گرفت. در این مطالعه تعداد 120 نمونه از برنج های موجود در بانک ژن ایران انتخاب شدند. در هر نمونه، عصاره آنزیمی از چهار تا شش گیاهچه جوان (پلومول + کلئوپتیل) شش تا هشت روزه تهیه گردید. جداسازی و رنگ آمیزی آیـزوزایم ها بــا اندکی تغییـرات در روش گلازمن و همکاران (Glaszman et al., 1988) انجام گرفت. نتایج نشان داد که فراوانی آللی برنج های ایرانی در اکثر مکان های ژنی آیزوزایم با متوسط برنج های آسیایی (گزارش شده توسط گلازمن) تفاوت معنی داری دارد. هم چنین در هر مکان ژنی، یک یا دو آلل دارای فراوانی غالب بودند. پنج مکان ژنیAmp3 ،Pgi2 ،Est2 ، Amp1 و Amp2 به ترتیب با 51, 54.8, 55.3, 60 و 48 درصد دارای تنوع (چندشکلی) بیشتری بودند. در سه مکان Amp4 ، Est5 و Est9 تنوعی مشاهده نشد و بنابراین استفاده از آن ها به عنوان نشانگر برای گیاه برنج توصیه نمی شود. تنوع ژنی برنج های ایران و آسیا در مکان های ژنیCat1 ،Pgi2 ،Amp2 ،Amp3 ، Amp4 و Est5 تا حد زیادی با هم مطابقت داشت، اما تنوع ژنی Pgi1 ،Est9 ، Est1 و Amp1 در برنج های ایران و آسیا اختلاف فاحش داشت. شاخص تنوع ژنوتیپی در برنج های ایرانی معادل 3.46 بود که در مقایسه با برنج های سایر کشورهای آسیایی مقدار فراوانی می باشد. مجموع نتایج این پژوهش نشان داد که برنج های ایران دارای ساختار ژنتیک خاص هستند و تنوع ژنتیک آن ها نیز بسیار زیاد است. این امر می تواند به دلیل تکامل مستقل این گیاه زراعی در زیست بوم نسبتا منحصر به فرد ایران باشد که تفاوت های قابل ملاحظه ای با زیست بوم اصلی این گیاه در آسیای جنوب شرقی، هند و چین دارد.