پرندگان ماهی خوار در بوم سازگان های آبی در رأس زنجیره غذایی قرار دارند و عنوان شاخص های زیست به شمار می روند. به همین دلیل شناسایی و تعیین ساختار جامعه پرندگان ماهی خوار خور موسی از مهر تا اسفندماه 1393 با دوربین چشمی و تلسکوپ به روش مشاهده مستقیم و شمارش کل Total Count انجام شد. خور موسی در جوار بندر امام خمینی قرارداد. در این بررسی 26 گونه از 5 تیره پرنده ماهی خوار با جمعیت 11924 قطعه درخور موسی شناسایی و شمارش شد. ترکیب جامعه پرندگان ماهی خوار خور موسی شامل حواصیلیان 19.61 Ardeidae در صد، باکلانیان Phalacrocoracidae، 73.7 درصد، کاکاییان Laridae، 58.94 در صد، پرستو دریاییان Sternidae، 13.33 درصد و گونه درخطر انقراض جهانی پلیکان پا خاکستری /37 Pelecanus crispus درصد تعیین شدند. بیشترین تنوع گونه ای سیمپسون، شانون- وینر، مارگالف و برکر-پارگر به ترتیب 8603/، 2.194، 1.293 و 4356/ در بهمن ماه و کم ترین تنوع در مهرماه (7323/، 1.509، 8989/ و 2354) بود. بیشترین جمعیت پرندگان ماهی خوار در ماه بهمن (3764 قطعه) و کم ترین جمعیت در مهرماه (824 قطعه) شمارش شدند. تنوع آلفا، بتا و گامای پرندگان ماهی خوار خور موسی نیز نشان داد که تنوع در دی و بهمن ماه حداکثر و در مهرماه حداقل بود. ساختار جامعه و تنوع گونه ای پرندگان ماهی خوار خور موسی در ماه های مختلف باهم اختلاف معنی داری در سطح ( (p=%1داشتند. پرندگان ماهی خوار ساحل زی، در سواحل خورهای منشعب از خور اصلی، پرندگان شیرجه زن در بخش های مرکزی و پرندگان ماهی خوار کنارآبچر در بخش های کم عمق خور موسی مشاهده شدند. بیشترین در صد تشابه پرندگان ماهی خوار در بین ماه های دی و بهمن (90.88 در صد) و بیشترین ضریب تفاوت اقلیدسی در بین ماه های مهر و بهمن (197.972) بود. تفاوت اقلیدسی بین ماه های مختلف، تفاوت جمعیت و تنوع پرندگان ماهی خوار خور موسی نشان داد که این خور زیستگاه زمستان گذرانی پرندگان ماهی خوار می باشد که از مهرماه وارد خور شده پس از زمستان گذرانی در اسفندماه آن را ترک می کنند.