روابط فیلوژنتیکی بیست و چهار نژادگان انار ایران با استفاده از نشانگرهای ملکولی ISSR مورد بررسی قرار گرفت. در این بررسی پس از استخراج DNA و بهینه سازی شرایط آزمایش، شش آغازگر ISSR به صورت انفرادی و ترکیبی مورد استفاده قرار گرفتند. در مجموع 173 قطعه افزوده شد که 67 قطعه از آن ها در بین نژادگان ها چند شکل بودند. ماتریس تشابه تشکیل و با استفاده از الگوریتم جاکارد در نرم افزارNTSYS Ver. 2.02 دندروگرام گروه بندی ارقام ترسیم شد. در دندروگرام به دست آمده در ضریب تشابه 65%، ارقام مورد مطالعه در پنج گروه جای گرفتند که 19 رقم آن ها یک گروه مستقل را تشکیل می دادند. با توجه به نتایج به دست آمده به نظر می رسد که نشانگر ملکولی ISSR به دلیل تولید تعداد نوارهای چند شکل بیشتر و همچنین تکرار الگوی باندی، از کارآیی بیشتری برخوردار است. گروه بندی به دست آمده در بسیاری از مواقع با ویژگی های مورفولوژیک ارقام مورد بررسی در این پژوهش مطابقت نداشت.