یکی از مشکلات مهم کنترل مالاریا در دنیا مقاومت پلاسمودیوم فالسیپاروم به کلروکین و بعضی دیگر از داروهای ضد مالاریا در اغلب مناطق اندمیک مالاریای فالسیپاروم است.در ایران در دو مطالعه انجام گرفته به روش in-vivo در مناطق مالاریا خیز جنوب کشور در سالهای 55-1347 پلاسمودیوم فالسیپاروم در مقابل کلروکین حساس بوده است.در مطالعاتی که طی سالهای 80-1362 توسط واحد تک یاخته شناسی دانشکده بهداشت با همکاری کارکنان و مسوولان مالاریای استانهای مالاریا خیز جنوب شرقی ایران انجام گرفته است و میزان حساسیت پلاسمودیوم فالسیپاروم بروش های in-vivo و in-vitro به کلروکین و چند داروی متداول ضد مالاریای دیگر تعیین شده است، آثار وجود سویه های مقاوم پلاسمودیوم فالسیپاروم به کلروکین در بررسیهای سال 1362 در ایرانشهر ظاهر شده و به تدریج میزان موارد مقاوم و سطح مقاومت در منطقه افزایش یافته است، بطوریکه در شهرستان ایرانشهر میزان مقاومت از 5.7% در سطح R1 در سال 1362 به 51.2% در سطوح R11, R1 و R111 رسیده است.در مطالعات انجام گرفته در شهرستان بندرعباس و در مواردی در شهرستان کهنوج، میزان مقاومت از 32.5% در سطوح R11, R1 در سالهای 66-1365 به 64.8% در سطوح R11, R1 و R111 در سالهای 75-1373 رسیده و تا سالهای 80-1379 بین 68% تا 84% در نوسان بوده است.در بررسی به روش micro in vitro با استفاده از کیت های استاندارد سازمان بهداشت جهانی، میزان مقاومت پلاسمودیوم فالسیپاروم به کلروکین، آمودیاکین، سولفادوکین - پیریمتامین (فنسیدار) مفلوکین و کنین به ترتیب در 281، 72، 39، 44 و 72 نمونه 33.4%، 15.2%، 17.9%، 2.2% و صفر بوده است. در این بررسی پلاسمودیوم فالسیپاروم به کنین کاملا حساس بود.در 88 بیمار مبتلا به مالاریای فالسیپاروم که به روش in-vivo مقاوم به کلروکین بودند درمان با سولفادوکسین - پیریمتامین (فنسیدار) به تنهایی و یا همراه با آمودیاکین انجام گرفته است. 13.6% موارد انگل به فنسیدار هم در سطوح R1 و R11 مقاوم بود.مقاومت پلاسمودیوم فالسیپاروم به مفلوکین را که به طور پراکنده در مواردی به روش in-vitro در مناطق مالاریا خیز دیده شده است، با توجه به این که این دارو در آن زمان هیچوقت در ایران مورد استفاده قرار نگرفته بود. می توان مقاومت ذاتی و یا موارد وارده و یا انتقال از وارده در نظر گرفت.در این مطالعه که حساسیت پلاسمودیوم ویواکس به کلروکین به روش in-vivo تمدید شده 28 روزه، جمعا در 827 بیمار از سال 1373 لغایت 1380 انجام گرفته است، در تمام موارد انگل به دارو حساس بوده و میانگین زمان پاک شدن خون از انگل 2.78 روز بوده است.بررسی میزان حساسیت پلاسمودیوم فالسیپاروم به کلروکین و بعضی دیگر از داروهای ضد مالاریا در بیمارانی انجام گرفته است که شخصا و یا از طریق مراکز درمانی و آزمایشگاه های مالاریای مناطق مالاریا خیز، به آزمایشگاه های بررسی مقاومت دارویی مالاریا در ایستگاههای تحقیقات بهداشتی بندرعباس و ایرانشهر مراجعه کرده و یا معرفی شده اند. با این ترتیب عده ای از آنان قبلا سابقه درمان با کلروکین داشته اند و احتمالا پس از شکست درمان و ظهور مجدد بیماری تحت بررسی مقاومت دارویی قرار گرفته اند. تعدادی از موارد مالاریای فالسیپاروم که در مراکز دیگر به درمان با کلروکین جواب داده اند معرفی نشده و در نتایج این بررسیهای منظور نگردیده اند، با این ترتیب به احتمال قوی میزان مقاومت پلاسمودیوم فالسیپاروم به کلروکین در کل بیماران مبتلا به مالاریای فالسیپاروم در مناطق تحت بررسی کمتر از ارقام به دست آمده در این مطالعات است. سویه های مقاوم اولیه پلاسمودیوم فالسیپاروم به احتمال قوی توسط مهاجران و مسافران افغانستانی و پاکستانی به مناطق مالاریا خیز ایران وارد شده و انتشار آنها توسط آنوفل انجام گرفته است.