حکمت متعالیه صدرالمتالهین همچنان مخالفانی دارد که آن را مکتبی التقاطی می دانند که آموزه های هستی شناختی را بدون تحفظ بر روش فلسفی، از حوزه های گوناگون معرفتی (فلسفه مشاء، فلسفه اشراق، عرفان، کلام و متون اسلامی) برگرفته و در ساختاری نامنسجم گردآورده است. این مقاله می کوشد با تکیه بر اظهارات صدرالمتالهین، با روشی وصفی - تحلیلی، ویژگی های منحصر به فرد روش شناختی حکمت متعالیه را که وجه متمایز آن از دیگر مکاتب هستی شناسی است، ارایه و نشان دهد که حکمت متعالیه، در عین بهره مندی از دستاوردهای حوزه های مختلف هستی شناسی در تمدن اسلامی، یک مکتب کاملا فلسفی و پای بندی به روش فلسفی در اثبات و نفی گزاره های مورد نظر است.نقد روش شناختی عرفان نظری از دیدگاه حکمت متعالیه، تمایز روش شناختی حکمت متعالیه با حکمت اشراق، جایگاه شهود و آموزه های دینی در حکمت متعالیه، مقایسه روش نقلی با روش عقلی و شهودی در وصول به حقایق هستی شناختی، اصطلاح شناسی «عقل منور» و «برهان کشفی» در حکمت متعالیه و تبلور مطالعه میان رشته ای در حکمت متعالیه از جمله مباحث این مقاله هستند.