مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

576
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

529
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

شناسایی و آنالیز حذف و درج ها در ژنوم شترهای تک کوهانه ایرانی با استفاده از داده های توالی یابی کل ژنوم

صفحات

 صفحه شروع 109 | صفحه پایان 119

چکیده

 این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درج های (ایندل ها) موجود در ژنوم شتر تک کوهانه ایرانی و ارزیابی گروه های عملکردی مرتبط با آن ها, با استفاده از داده های توالی یابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تک کوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق, برای افزایش دقت و صحت ایندل های شناسایی شده, از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت, تنوع های شناسایی شده مشترک بین دو برنامه, بعد از پالایش کیفی به عنوان ایندل های نهایی در نظر گرفته شدند. مطالعه حاضر منجر به شناسایی تعداد 351429 ایندل برای شتر یزدی و 341479 ایندل برای شتر طرودی شد. برای انجام آنالیزهای بیشتر, از ایندل هایی استفاده شد که در حاشیه نویسی به عنوان واریانت های با اثر بالا طبقه بندی شده بودند. تعداد ایندل های با اثر بالا به ترتیب برای شتر یزدی و طرودی برابر با 3424 و 3506 بودند. برای انجام مقایسه بین نمونه شترهای ایرانی و شترهای غیر ایرانی, از داده های توالی یابی کل ژنوم یک نمونه شتر با منشاء آفریقایی استفاده شد. مقایسه ایندل های با اثر بالا بین سه نمونه, نشان داد که تعداد 1595 ایندل, بین آن ها مشترک می باشند. ارزیابی نتایج ژن آنتولوژی نشان داد که بسیاری از عبارات معنی دار شده, مربوط به توانایی شترها برای تحمل شرایط سخت بیابانی می باشند.

استنادها

  • ثبت نشده است.
  • ارجاعات

  • ثبت نشده است.
  • استناددهی

    APA: کپی

    خلخالی ایوریق، رضا، حافظیان، سیدحسن، هدایت ایوریق، نعمت، فرهادی، ایوب، و بختیاری زاده، محمدرضا. (1397). شناسایی و آنالیز حذف و درج ها در ژنوم شترهای تک کوهانه ایرانی با استفاده از داده های توالی یابی کل ژنوم. تولیدات دامی (مجله کشاورزی پردیس ابوریحان)، 20(1 )، 109-119. SID. https://sid.ir/paper/209199/fa

    Vancouver: کپی

    خلخالی ایوریق رضا، حافظیان سیدحسن، هدایت ایوریق نعمت، فرهادی ایوب، بختیاری زاده محمدرضا. شناسایی و آنالیز حذف و درج ها در ژنوم شترهای تک کوهانه ایرانی با استفاده از داده های توالی یابی کل ژنوم. تولیدات دامی (مجله کشاورزی پردیس ابوریحان)[Internet]. 1397؛20(1 ):109-119. Available from: https://sid.ir/paper/209199/fa

    IEEE: کپی

    رضا خلخالی ایوریق، سیدحسن حافظیان، نعمت هدایت ایوریق، ایوب فرهادی، و محمدرضا بختیاری زاده، “شناسایی و آنالیز حذف و درج ها در ژنوم شترهای تک کوهانه ایرانی با استفاده از داده های توالی یابی کل ژنوم،” تولیدات دامی (مجله کشاورزی پردیس ابوریحان)، vol. 20، no. 1 ، pp. 109–119، 1397، [Online]. Available: https://sid.ir/paper/209199/fa

    مقالات مرتبط نشریه ای

    مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.
  • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.
  • کارگاه های پیشنهادی






    بازگشت به بالا
    telegram sharing button
    whatsapp sharing button
    linkedin sharing button
    twitter sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    sharethis sharing button