مقدمه: در بین آمیب های آزادزی، گونه های N. fowleri و N. australiensis علت مرگ ناشی از مننگوآنسفالیت آمیبی اولیه به حساب می آیند. از آن جا که آب استخرها منبع آمیب های آزادزی است، این مطالعه با هدف جداسازی آمیب نگلریا و شناسایی نگلریا آسترالینسیس از آب استخرهای شنای استان کرمان انجام شد. روش کار: 80 نمونه آب از 20 استخر استان کرمان در تابستان 1397 جمع آوری و میزان کلر باقی مانده، pH و دمای آن ها اندازه گیری شد. نمونه های آب فیلتر و کشت داده شدند. پس از شناسایی مورفولوژیکی آمیب، تعیین جنس به روش PCR و تایید گونه با مقایسه توالی محصول PCR در بانک ژن انجام شد. یافته ها: دما و باقیمانده کلر به ترتیب در 50% و 7/93 % از استخرها به میزان استاندارد بود. به طورکلی 75/8 % از نمونه آب استخرها، آلوده به آمیب با مورفولوژی نگلریا بودند. نتیجه PCR حاکی از وجود نگلریا در هفت نمونه بود. درصد آلودگی در سانس آقایان و در یک متری کناره استخر بیشتر بود. توالی محصول PCR درصد بالایی از هم پوشانی و شباهت با توالی های ثبت شده N. australiensis نشان داد که در بانک ژنی NCBI با شماره MT292609 به ثبت رسید. نتیجه گیری: نتایج پژوهش حاضر نشان داد که آب 25% از استخرهای شنا در استان کرمان به نگلریا آسترالینسیس آلوده هستند. با توجه به توانایی بیماری زایی این گونه آمیب در انسان و حیوان، لازم است تمهیدات لازم برای ضدعفونی هر چه بیشتر آب استخرهای شنا توسط دست اندرکاران مسایل بهداشتی برای جلوگیری از آلودگی احتمالی اتخاذ شود.