یونجه زراعی (M.sativa) مهمترین گیاه علوفه ای دنیاست. مناطق غرب و شمال غرب ایران یکی از مناطق مهم یونجه کاری کشور است. با توجه به اینکه مطالعات جامعی در خصوص بررسی تنوع ژنتیکی یونجه های زراعی این مناطق انجام نشده، در این مطالعه تنوع ژنتیکی 34 توده یونجه زراعی از نواحی غرب و شمال غرب ایران به کمک ده جفت آغازگر ریزماهواره ارزیابی شد. در مجموع 51 نوار بدست آمد که 45 نوار چند شکل با متوسط 5/4 باند در هر لوکوس شناسایی شد. مقدار PIC با میانگین 55/0 از 29/0 در آغازگر MAL369471 تا 80/0 در آغازگر ENOD20 و MI با میانگین 1/2 از 29/0 در آغازگر MAL369471 تا 01/4 در آغازگر ENOD20 متغیر بود. استان چهارمحال و بختیاری دارای بیشترین میزان تنوع ژنی و شاخص اطلاعاتی شانون (He=0.19 و I=0.29) و استان تهران شامل کمترین این مقادیر (He=0.13 و I=0.13) بود. دندروگرام بر اساس ماتریس عدم تشابه، نمونه ها را به دو گروه اصلی تقسیم کرد که دو توده شهرستان کرج در یک گروه و سایر توده ها در گروه دیگری قرار گرفتند. نتایج این تحقیق نشان می دهد که نشانگرهای ریز ماهواره ابزار موثر در ارزیابی تنوع ژنتیکی یونجه های بومی ایران است. نتایج این تحقیق می تواند در مدیریت ژرم پلاسم در کلکسیون های یونجه مفید باشد.