مقدمه: استان فارس یکی از کانون های آندمیک لیشمانیوز پوستی محسوب میشود. هدف از مطالعه حاضر بررسی وضعیت اپیدمیولوژی مولکولی و ارزیابی روش مولکولی واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) بر روی اسلایدها برای تشخیص بیماری در بیماران مراجعه کننده به گروه انگل شناسی دانشکده پزشکی شیراز بود.روش کار: این مطالعه مقطعی در یک دوره زمانی 5 ساله (84 - 80) روی بیماران مراجعه کننده به گروه انگل شناسی دانشکده پزشکی انجام شد. تشخیص بیماری با تهیه اسمیر مستقیم از ضایعات و رنگ آمیزی گیمسا بود. در موارد ضروری در صورت منفی شدن نتیجه آزمایش با روش مستقیم، از روش واکنش زنجیره ای پلیمراز بر روی اسمیر مستقیم جهت تعیین جنس لیشمانیا و گونه انگل استفاده شد. داده های بدست آمده ثبت شدند و توسط نرم افزار SPSS مورد تجزیه و تحلیل آماری قرار گرفتند.یافته ها: در این مطالعه تعداد 186 بیمار مشکوک به لیشمانیوز پوستی مورد مطالعه قرار گرفتند که نتیجه آزمایش مستقیم 104 نفر (56 درصد) مثبت شد. همچنین با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلیمراز، روی تعداد 62 گسترش مستقیم که جسم لیشمن در آن ها مشاهده نشده بود، در 35 مورد (56.4 درصد) از آن ها دی ان ای (DNA) انگل لیشمانیا شناسایی شد. همچنین با استفاده از پرایمرهای اختصاصی گونه، گونه انگل لیشمانیا در بیماران ساکن نقاط مرکزی شهر، گونه لیشمانیا تروپیکا (نوع شهری) و در بیماران ساکن روستاهای حومه، گونه لیشمانیا ماژور (نوع روستایی) بود.بحث و نتیجه گیری: از آن جایی که در بعضی از موارد گزارش اسمیر مستقیم بیماران منفی است، لذا پیشنهاد می شود در مناطق آندمیک در صورت مشکوک بودن به بیماری از روش واکنش زنجیره ای پلیمراز بر روی نمونه ها استفاده شود.